Возросшее научное признание Юнга (он стал первым президентом Международной психоаналитической ассоциации, редактором первого психоаналитического журнала «Ежегодник психоаналитических и психопатологических исследований») привело в числе прочего и к увеличению количества людей, обращающихся к нему за консультациями. В 1910 году он оставил работу в клинике и начал частную практику в своем новом доме в Кюснахте, на берегу Цюрихского озера. За год до этого Юнга вместе с Фрейдом и несколькими другими известными психологами даже пригласили в США на празднование юбилея университета Кларка.
Однако со временем между ним и Фрейдом стали возникать разногласия. В числе первых расхождений в их взглядах оказалась трактовка проблемы либидо. В отличие от родоначальника психоанализа, Юнг понимал под ним всю психическую энергию человека, а не только ее сексуальную форму. Он также считал, что в основе психических расстройств, например шизофрении, лежат вытеснения разного рода, а не только подавленная сексуальность. В то время как Фрейд был убежден, что невроз зарождается в раннем детстве и связан с так называемым «эдиповым комплексом», Юнг, напротив, делал акцент на ведущей роли в формировании невроза пациента той реальности и тех переживаний, которые существуют в момент появления расстройства. Для Карла Юнга невроз был одним из механизмов, запущенных психикой с целью собственной регуляции, для достижения ее равновесия, чтобы избежать психоза. В то же время невроз является сигналом, предупреждающим человека о необходимости изменения жизни, отношения к ней, установок и взглядов на мир и на свое место в нем.
В декабре 1912 года Юнг написал письмо, в котором выразил свое несогласие с позицией Фрейда: «Дорогой господин профессор! Могу я сказать Вам несколько серьезных слов? Я признаюсь в некоторой неуверенности в Вас, однако стараюсь решать ситуацию в честной и абсолютно корректной манере. Если Вы в этом сомневаетесь, это Ваш собственный крест. Я, однако, хотел бы обратить Ваше внимание на то, что Ваш метод обращаться с учениками, словно с пациентами, является ошибочным. Кроме того, Вы воспитываете раболепных сыновей или наглых баловней (Адлер – Штекель и вся наглая банда, захватившая Вену). Я достаточно объективен, чтобы разглядеть Ваш трюк. Повсюду вокруг себя Вы распознаете симптомы и назначаете лечение, тем самым Вы определяете всему своему окружению зависимое положение сыновей и дочерей, которые, краснея, признают наличие дурных наклонностей. А Вы пока что остаетесь наверху в качестве отца. В полной покорности никто не смеет ухватить пророка за бороду и разочек поинтересоваться, что Вы скажете пациенту, у которого обнаружится тенденция анализировать аналитика вместо самого себя. Видимо, Вы ответите ему: “У кого из нас, собственно, невроз?”
Видите ли, дорогой мой господин профессор, покуда Вы забавляетесь