Все эти годы Пухов писал статьи, активно публиковался в военных журналах и периодике. До начала войны опубликовал более 35 работ, в основном по тематике, связанной с бронетанковыми войсками. Танки его захватили. В 1941 году, в самый канун начала войны, Николай Павлович успешно защитил диссертацию по теме «Противотанковая оборона войскового тыла». В своей научной работе Пухов изложил свои мысли по поводу применения танков, в том числе массированного, а также взаимодействия танков и других родов войск, и, конечно же, противодействия им. Опыт войны на европейском театре в диссертации был тоже учтён. Автор как будто предчувствовал, что в самой масштабной битве Великой Отечественной войны ему придётся управлять войсками именно в схватке с массами танков и бронетехники противника.
Началась война. Теория закончилась 22 июня 1941 года. Настала пора военной практики. Но практика Гражданской войны, та, которую имели он и его сослуживцы, не годилась. Победы немецких войск лета 1941 года были достигнуты моторами и быстрым манёвром.
Быстрый маневр, как вскоре стало очевидным, без моторов невозможен. Кавалерия на эту роль уже не годилась. От командиров на поле боя при решении конкретных задач война в первые же дни потребовала умелого взаимодействия различных родов войск. А ещё – чёткой работы связи. А ещё – хорошо поставленной службы тыла.
Противник всем этим владел в достаточной степени. Красная армия – нет. В итоге – глубокие прорывы с выходом на тылы, полная или частичная парализация действий войск в обороне, охваты, «котлы», разгром.
С августа 1941 года генерал-майор Н. П. Пухов на фронте. Командовал 304-й стрелковой дивизией, которая действовала в составе 38-й армии Юго-Западного фронта. Прошёл бои в районе Полтавы в сентябре 1941 года, затем, в октябре, Сумско-Харьковскую оборонительную операцию. После падения Киева и гибели