Тщательный подход к задаче очистки поверхности красочного слоя изменил отношение к вполне традиционной мастиковке и обортовке известковыми и цемяночными растворами левкаса росписи. При повторных реставрационных работах в барабане – на изображении Пантократора в куполе – часть разрушившихся со временем чисто известковых чинок на кляммерах XVI в. была заменена новыми, но по усовершенствованной методике с использованием наполнителей и специальной подготовкой железных шляпок кляммеров.
Обычные при поновительских и «старых» реставрационных работах заходы, нахлесты и набрызги известковым раствором стачивались нами до уровня поверхности красочного слоя, но их легкий след всегда оставлялся или остается, если известь ложилась на влажную чистую поверхность красочного слоя.
Хорошая сохранность многих росписей собора позволяет сейчас видеть, что техника живописи, особенно в изображении ликов и рук очень похожа на иконопись и позволяет сделать вывод, что завершающий этап живописного исполнения был связан с использованием живописи по-сухому красками со связующим. Сделанный анализ микропроб верхних красочных слоев подтвердил присутствие яичного желтка, традиционного связующего для русской иконописи. Авторов росписи, работавших быстро и уверенно, нисколько не смущали неровности стены и левкаса. Больше того, при обследовании росписей в боковом свете и фиксации состояния сохранности живописи можно было сделать определенные выводы о различиях в манере письма разных мастеров и о способах подготовки левкаса под личное письмо или письмо рук и одежд.
Из-за неровностей рельефа стены сама роспись постоянно покрывалась слоями пыли и микроорганизмами. Суммарная плотная пыль по всей поверхности собора включала в себя слой тонкой красочной кирпичной пыли