Основание Петром Великим Российской империи имело целью централизацию власти на огромной российской территории, и эта централизация затронула и религиозные общины страны. В 1721 г. в Санкт-Петербурге было создано министерство по делам православной религии – Священный Синод. Иные религии оказались под контролем, и, кстати, более щадящим, ведомства по делам инородческих религий. Императрица Екатерина II, пришедшая к власти через несколько десятилетий после смерти Петра Великого, считала себя его преемницей, в том числе и в вопросах организации и контроля над религиозной жизнью страны. В то же время Екатерина Великая подчеркивала свое душевное родство с французскими просветителями, и, как просвещенный монарх, она в 1773 г. издала Указ о религиозной терпимости, давший толчок развитию «инородческих» общин, прежде всего мусульман и лютеран, появлению новых мечетей и кирх. Примечательно название Указа Священному Синоду – «О терпимости всех вероисповеданий и о запрещении архиереям вступать в дела, касающиеся до иноверных исповеданий и до построения по их заказу молитвенных домов, предоставляя сие светским правительствам».
Вскоре, в 1800 г., в Казани открылась типография, специализировавшаяся на издании мусульманской религиозной литературы. Расширение прав верующих способствовало росту их интереса к просвещению. В мусульманской среде это породило реформаторское («джадидистское») течение, связанное в первую очередь с деятельностью Исмаила Гаспринского (1851–1914). С 1888 г. Гаспринский издавал газету «Тарджиман» («Переводчик»), которая играла ведущую роль в модернизации мусульманского образования в Крыму, Поволжье, Туркестане. Гаспринский создал новые учебники и новые учебные программы, основал в Крыму так называемые «новометодные школы», впоследствии получившие широкое распространение на российских мусульманских территориях – вплоть до Самарканда, Ташкента и вассального Бухарского эмирата. Благодаря этим прогрессивным школам в первые полтора десятилетия XX в. зарождается новая генерация мусульманских интеллектуалов, по-европейски образованных, но не утративших «мусульманской» идентичности.
В период усиления политики русификации, характерной прежде всего для времени правления императора Александра III, намечается ослабление позиций