На территории области зарегистрировано свыше 400 религиозных организаций, представляющих 23 вероисповедания. В том числе мусульманская община насчитывает 86 официально зарегистрированных приходов-махалля и два медресе («Hyp» при Самарской Соборной мечети и «Гали» в селе Алькино Похвистневского района).
За некоторым исключением все махалля действуют при мечетях, некоторые располагаются в переоборудованных под молельные комнаты помещениях. Переломным для функционирования ислама в области, как и в целом для религиозных организаций, стал 1989 г., когда одна за другой стали регистрироваться махалля, открываться мечети. В 1994 г. было образовано региональное Духовное управление мусульман Самарской области (РДУМСО), которое первоначально возглавил имам А. Мингачев, а затем муфтий Самарской Соборной мечети В. Яруллин.
По общему мнению представителей духовенства, светской власти, деятелей татарских национально-культурных организаций, РДУМСО и его председателю, муфтию В. Яруллину, удалось создать единую и авторитетную структуру управления. До недавнего времени все зарегистрированные махалля и РДУМСО находились в подчинении Центрального духовного управления мусульман России и европейских стран СНГ, возглавляемого муфтием Т. Таджуддином. В настоящее время в Тольятти существуют два малочисленных прихода, руководители которых позиционируют себя приверженцами Р. Гайнутдина и Совета муфтиев России. Региональная умма не признает эти организации, считая одного из руководителей самозванцем, лишенным звания имама. К тому же у того есть серьезные проблемы правового характера. В 2010 г. в Самаре был зарегистрирован приход махалля, подчиняющийся Казанскому муфтияту.
С увеличением численности мигрантов традиционная мусульманская община региона дополняется суннитами шафиитского мазхаба, суфийских тарикатов, шиитами из Азербайджана и шиитами-исмаилитами из Таджикистана. Среди таджиков, проживающих в Самарской области, и временных трудовых мигрантов из Таджикистана есть последователи самой крупной исмаилитской общины, возглавляемой Ага-ханом IV. На деньги «Фонда Ага-хана» содержится воскресная школа, проводятся некоторые мероприятия. В 2010 г. в одном из сел Красноярского района области поселился проповедник из Таджикистана Наби-хаджи, к которому на пятничные намазы приезжают таджики из различных населенных пунктов, в том числе из Самары. Этот приход пока не зарегистрирован. Известно, что сам Наби-хаджи пытался получить место в какой-либо мечети, но получил отказ. Лидеры общественной НКО «Пайванд – Единство» считают деятельность хаджи раскольнической.
В настоящее время в любой мечети на намазе собираются вместе представители традиционных для Урало-Поволжья