Недовольство репрессиями привело в конце правления Шапура к ослаблению гонений. Отчасти этому способствовал отход от христианства при Юлиане Отступнике, а соответственно, демаркировка христиан в качестве врагов Ирана.
В V столетии Сасанидский Иран не стал христианской империей. Такая перспектива получила практические очертания при внуке Шапура II Йездигерде I (363–421). При нем антихристианские репрессии свертываются, а христиане Церкви Востока получают привилегированное положение в государстве. Такая политика была воспринята как измена со стороны зороастрийского жречества. Отсюда присвоенные Йездигерду прозвищ – «Отступник» и «Грешник». Соответственно, христиане давали шахиншаху прямо противоположные оценки. Ставка Йездигерда на христиан соотносилась в социальном плане с политикой поддержки городского ремесленного населения. Шахиншах дал возможность Церкви Востока проводить захоронения по христианскому обряду, то есть в земле, что было кощунством в представлении зороастрийского жречества. Восстанавливались христианские храмы.
Аналогом принятия Миланского эдикта 313 года в Римской империи стал организованный Йездигердом в 410 году Собор Церкви Востока в Селевкии-Ктесифоне. Церковные структуры охватывали территорию Ирана, устанавливалась единая иерархия. Официально признавались правила, принятые на Никейском Соборе 325 года. В Селевкии-Ктесифоне присутствовали представители Восточной Римской империи, что подчеркивало единство Христианского мира. Несмотря на произошедшее в 395 году разделение Римской империи на Восточную и Западную, управлявшиеся разными императорами – его сыновьями Аркадием и Гонорием, она к началу V века все еще мыслилась как единое государство Цезарей.
Посредством альянса с Сасанидским Ираном фактически реализовывался (но не реализовался) концепт двух христианских империй – Запада и Востока. Восточной христианской империей мог стать Иран, западной – Римское государство. Две империи – одна христианская общность. Утверждается даже, что, находясь на смертном одре, римский император Аркадий обращался с просьбой к Йездигерду стать попечителем его малолетнего сына и всего римского народа. И будто бы такое попечительство в течение 20 лет им и осуществлялось. В этом случае речь уже могла идти о фактически единой римско-иранской государственности. Попечение же иранца вряд ли могло быть допущено без понимания его близости к христианству. Доверить малолетнего сына и весь римский народ зороастрийцу Аркадий вряд ли посчитал бы возможным.
Христиане Церкви Востока ожидали публичного перехода Йездигерда в христианство. Говорилось, что такой шаг он мог совершить, когда епископ Маруфа избавил его сына от мучившего того демона. Но публичного события обращения шахиншаха в христианство так и не произошло. Более того, в последний год жизни его отношения с Церковью Востока серьезно ухудшились. По-видимому, вина лежала на руководстве самой Церкви, перешедшей грани