1-я эскадрилья KGr.806 действовала с аэродромов Хельсинки-Мальми и Утти до конца июля 1941 г. «Юнкерсы» взлетали перегруженными, с максимальной бомбовой нагрузкой и полными баками, что требовало длинного разбега. Поэтому командование Люфтваффе обратилось к финнам с просьбой срочно удлинить взлетно-посадочную полосу аэродрома Мальми на 1500 метров. В течение четырех дней, с 22 по 26 июня, финские саперы выполнили эту задачу, снеся при этом пять зданий и вырубив лес по обеим сторонам летного поля.
Экипажи KGr.806 выполнили еще несколько ночных вылетов к Кронштадту, продолжая минирование подходов к главной военно-морской базе Балтийского флота. Используя мины BM1000 с ударными взрывателями, они также атаковали шлюзы на Беломорско-Балтийском канале имени Сталина. Один из таких налетов 28 июня стал последним для командира группы оберст-лейтенанта Ханса Эмига. Во время пикирования на цель его Ju-88A получил прямое попадание зенитного снаряда, но, несмотря на это, Эмиг продолжил атаку. Мина, сброшенная им с высоты нескольких метров, попала точно в ворота шлюза, но при ее взрыве был уничтожен и самолет самого Эмига.[36]
Уже утром 22 июня тральщики, базировавшиеся в Кронштадте, начали разведывательное траление на имеющейся сети фарватеров. Однако русские ничего не знали об электромагнитных минах, а именно такие были выставлены самолетами Люфтваффе в районе Кронштадта. Вплоть до начала августа инженеры Балтфлота считали, что немцы и финны используют только контактные мины, потому проведенное траление и оказалось неэффективным.
Утром 24 июня недалеко от Кронштадта подорвался тральщик Т-208 «Шкив». При этом некоторые матросы заметили, что взрыв произошел не непосредственно у носа корабля, а как бы чуть в стороне от него. От мощного гидродинамического удара в корпусе корабля образовались большие трещины, и, несмотря на работу всех водоотливных средств, он через 40 минут затонул. Эта потеря стала весьма серьезной, ибо Т-208 относился с базовым тральщикам специальной постройки водоизмещением 450 тонн. Его экипаж состоял из опытных моряков.
Аналогичным образом 7 июля напротив маяка «Толбухин» подорвался и потонул тральщик ТЩ-39 «Петрозаводск». В этом случае взрыв тоже произошел в стороне от борта, тем не менее причиной катастрофы объявили «якорную мину». После этого фарватеры КБ-1а и КБ-1б были закрыты для плавания и снова «протралены» обычными контактными тралами. Мин опять обнаружено не было. Впрочем, специальных электромагнитных тралов в распоряжении Балтфлота все равно не было. Единственным способом борьбы с донными «адскими машинами» было сбрасывание глубинных бомб, что сводило уничтожение мины к чистой случайности.
Позднее командование Балтийского флота образовало в Финском заливе три района траления. 3-й район включал в себя акваторию Кронштадтской военно-морской базы с ее фарватерами, проложенными в Лужскую губу, на северо-восток к Выборгу, на запад к острову Гогланд и к Ленинграду. Ответственность за борьбу с минами и конвойную службу в районе возлагалась на командира