По мнению Еврокомиссии и экспертного сообщества, в связи с внутриполитическим конфликтом в Украине реализация «Плана действий» и принятие необходимого законодательства оказались делом трудным, несмотря на «проевропейскую» ориентацию Украины после «оранжевой революции»[Whitmore, p. 51–55; Wolczuk, 2007, p. 5, 12; Commission staff working document]. Отметим, что «План действий» ЕС–Украина был согласован еще при Л. Кучме, однако подписан уже после «оранжевой революции» 21 февраля 2005 г. на заседании Совета сотрудничества ЕС–Украина. Одновременно по настоянию Киева был подписан дополнительный документ, представленный еще в конце января комиссаром ЕС по внешним связям Б. Фереро-Вальднер и Верховным представителем ЕС по ОВПБ Х. Соланой [Шнайдер, с. 100; Samokhvalov, p. 10]. Этот документ был призван дополнить положения «Плана действий», однако, по мнению экспертов, серьезно от него не отличался [Vhal, p. 1–2; Gromazdki, Sushko, p. 17–19].
Реализация «Плана действий» осложнялась тем, что контроль над его соблюдением проводился недостаточно последовательно, примером чего могут служить доклады КЕС от ноября 2005 г. и декабря 2006 г. [Solonenko]. Так, меры правительства Ю. Еханурова (сентябрь 2005 г. – март 2006 г.) по централизации контроля над реализацией «Плана действий» ЕС–Украина оказались не слишком удачными. Полномочия по координации процесса реализации положений этого документа были переданы Государственной комиссии по европейской и евроатлантической интеграции, которая возглавлялась Министерством иностранных дел. Однако юридические полномочия МИД по управлению этим процессом были определены недостаточно четко, а ключевые положения «Плана действий» находились вне компетенции МИД Украины. В любом случае МИД Украины терял координационную функцию из-за постоянных конфликтов президента и премьер-министра в период пребывания у власти «оранжевой коалиции». Подразделения по координации работы над реализацией «Плана действий» в рамках секретариата Кабинета министров Украины испытывали серьезные затруднения в своей работе [Wolczuk, 2007, p. 19; European integration], а проект бывшего вице-премьера О. Рыбачука по созданию Министерства европейской интеграции не был реализован из-за конфликта с МИД Украины [Petrov, p. 64]. Фактически за контроль над реализацией «Плана действий» ЕС–Украина боролись МИД, Министерство юстиции и Министерство экономики [Wolczuk, 2009, p. 195–196]. На реализации «Плана действий» негативно отразился конфликт вокруг вакантной должности министра иностранных дел после ухода с этого поста Б. Тарасюка [Lindner, S. 3]. В правительстве Н. Азарова вопросами отношений с Евросоюзом должен будет заниматься вице-премьер Н. Тигипко, хотя в формировании повестки отношений с Европейским союзом заметно укрепились