Ситуация меняется коренным образом с развалом Союза ССР. Фактически с нуля строится новая политическая система, которая заявлена как демократическая. Демократия (в отличие от империи и советского государства) в принципе предусматривает качественно различные способы решения территориальной проблемы: демократическое государство может быть и федеративным, и унитарным. Однако реального выбора способа решения территориальной проблемы у российского политического класса нет в силу ряда причин, главной из которых является то, что в этот период (конец 1980 – начало 1990-х годов) сегментарные различия с появлением нового ресурса – массовой политики – впервые приобретают политическое значение (прежде всего в этнических регионах, представителем которых становится Татарстан). Элиты регионов, еще в раннесоветское время образованные на этнической основе, опираясь на этническую мобилизацию, добиваются привилегированного положения – крайне высокой степени автономии от центра. Ни игнорировать устремления регионов, ни подавить их центр, занятый жестким противостоянием внутри себя по линии «реформаторы-демократы» / «консерваторы-коммунисты», не в состоянии. Так что федерализм становится «выбором без выбора», средством хоть какой-то гарантии лояльности регионов.
На самом деле в России с 1994 и до конца 1990-х годов был период, когда демократические институты, по сути, служили фасадом для реального политического процесса, связанного с переделом государственной собственности; формальное введение главным актором (президентом) этих институтов не решало задачи создания демократического режима и даже такой задачи не ставило. Основной структурной характеристикой режима этого периода являлось преобладание неформальных институтов; правящую коалицию формировали две категории акторов – крупнейшие экономические акторы («олигархи») и часть глав регионов, политические партии действовали на периферии системы [Рыженков, 2006]. Прямые выборы глав регионов, изменение порядка формирования Совета Федерации, массовое подписание двусторонних договоров между федеральным центром и регионами резко усилили степень региональной автономии; во второй половине