Это был период первоначального накопления опыта, первых ошибок и первых результатов, после чего мы наблюдаем вторую очередь бурного роста медресе, что было связано скорее с внутренними проблемами уммы. ЦДУМ сделало ставку на развитие образовательного консорциума, включающего сеть медресе в регионах и объединяемого Российским исламским университетом в Уфе. Открылись «Hyp» в Саратове, «Биляр» в Ульяновске, «Гулистан» в Чувашии и др. Кроме того, работавшие на тот момент медресе не покрывали потребность региональных местных религиозных организаций в кадрах, а те, что имелись, не всегда удовлетворяли по своим идейным предпочтениям. Появилось осознание того, что гораздо эффективнее обучать имамов у себя в регионе, где есть возможность и отбора, и отсева, и тщательной воспитательной работы с каждым из студентов. Появились Казанский исламский колледж (2003), медресе «Шейх Сайд» (2006), «Фанис» (2007).
Медресе осуществляют образовательную деятельность по дневной, вечерней и заочной формам, причем, как правило, одно и то же медресе ведет работу по всем трем направлениям, которые имеют каждый свою специфику. Исключение составляет тандем медресе им. М. Султановой и «Галия» в Уфе. В этом случае два медресе располагаются в одном здании, одно из них ведет дневное обучение, второе – по заочной форме.
На вечерней и заочной формах студентов в несколько раз больше, чем на дневной, так как на этих отделениях обучаются кроме молодежи и представители среднего и старшего поколения, желающие глубже постичь религиозные науки. Приведу в пример медресе «Ак мечеть» в Набережных Челнах. Совсем недавно количество студентов дневного отделения было менее 10, а вечерников и заочников – более 100.
В данное время в европейской части России нет женских медресе, в то же время ряд медресе проводит набор на учебу на дневном отделении и юношей и девушек, но процесс обучения происходит раздельно. Такими учебными заведениями являются: медресе «Мухаммадия» в Казани, медресе «Фанис» в Ютазинском районе Татарстана, медресе им. Р. Фахретдина в Альметьевске и медресе «Hyp аль-Иман» в Стрелитамаке. На заочную и вечернюю формы обучения женщины имеют возможность поступать во все медресе.
Медресе выдают дипломы по специальностям: «имам-хатыб», «преподаватель исламских наук», «мугаллим», «перевод-чик с арабского языка», «преподаватель арабского языка и исламского этикета», «преподаватель религиозных наук».