Наиболее заметные изменения в работе научных библиотек произошли на уровне функций, так как проблемы с материальным, техническим и кадровым обеспечением фактически поставили каждую библиотеку перед выбором: от каких видов работ и каких обязательств перед пользователями можно отказаться, чтобы сохранить данную библиотеку как таковую? Заметно пострадали фонды, так как многие библиотеки, осуществлявшие депозитарное или архивное хранение, имевшие обменные или дублетные фонды, аннулировали или сильно сократили их объем, отказавшись от соответствующих функций из-за проблем с помещениями, финансами, кадрами. Также проводились активные чистки фондов для освобождения хранилищ, которые зачастую изымались у библиотек для иных целей. Во второй половине 1990‐х годов представители контор, занимающихся сбором и переработкой макулатуры, в плановом порядке (по городским телефонным справочникам) обзванивали библиотеки и организации, предлагая массовый вывоз библиотечных фондов и архивов учреждений «в макулатуру». Это не могло не отразиться на объеме и качестве фондов, степени их физической сохранности, однако библиотеки поддерживают комплектование и обеспечивают сохранность своих основных фондов, насколько это возможно в современных условиях многолетнего недофинансирования (8).
Еще одна из основных функций библиотеки – это формирование каталогов и картотек: читательского и служебного справочного аппарата (СПА). Она также существенно изменилась. Очень многие библиотеки имеют элементы СПА, которые законсервированы и не пополняются.