Безусловно, у мусульман региона, как у всего российского общества, есть очень много проблем – духовных, социальных, личных, среди которых слабо развитая система религиозного образования и отсутствие грамотных кадров священнослужителей, неумение противостоять натиску идеологии «рынка» и криминала на жизнь общины. Одна из бед российского ислама – внутреннее противоборство мусульманского духовенства и разобщенность мусульманского общества. Раскол мусульманских организаций, начавшийся в 90-е годы, спровоцировал сначала взаимные обвинения мусульманской элиты в ваххабизме, а затем и его действительное появление в Поволжье. Социально-экономическое неблагополучие привело к широкому распространению псевдорелигиозных культов, отличительными чертами которых стали невежество, обман, вовлечение своих адептов в криминальную деятельность. В конце XX – начале XXI в. в связи с притоком в Поволжье представителей различных этнических групп из Средней Азии и Северного Кавказа в регион начали проникать идеи, не характерные для традиционного ислама. Вслед за идеями появились экстремистские группы, борьбу с которыми ведут правоохранительные органы.
В течение 2004 г. в различных регионах РФ правоохранительными органами были задержаны члены экстремистской религиозной организации «Хизб ут-Тахрир» (Партия освобождения ислама). Эта организация была внесена в список 15 организаций экстремистского толка, чья деятельность запрещена на территории Российской Федерации решением Верховного суда РФ от 14 февраля 2003 г. Состоявшееся в Башкирии судебное разбирательство в отношении членов «Хизб ут-Тахрир» было доведено до логического завершения. В августе 2005 г. Верховный суд Башкортостана приговорил членов ячеек к 4–9 годам лишения свободы. Вместе с тем пока еще рано ожидать, что деятельность «Хизб ут-Тахрир» на территории России полностью пресечена. Современный этап деятельности этой партии можно назвать «русским». Его особенностью является массовое тиражирование пропагандистской литературы на русском языке, распространение русскоязычной версии журнала «Аль-Вай» в регионах страны, создание русскоязычного сайта партии, который свободен для доступа всех желающих. Особое место в пропаганде идей «Хизб ут-Тахрир» занимают листовки, издаваемые на русском