4 апреля 1953 года, после смерти вождя Берия, став министром внутренних дел, начал пересмотр громких дел, заведенных в ту пору, когда он не имел отношения к госбезопасности. Арестовали Огольцова.
«Прекрасно зная порядки в своем ведомстве, Сергей Иванович боялся, что его могут попытаться отравить, – вспоминает сын генерала Богданова – Сидя за решеткой, он ел и пил только то, что гарантированно не могло содержать яд».
Оказавшись на нарах, Огольцов все рассказал. Подробно описал, как он руководил убийством Михоэлса. Его показания подтвердил Шубняков. Берия отдал бы их под суд, но его самого вскоре арестовали. И опять все изменилось! Убийцы теперь называли себя невинными жертвами Лаврентия Павловича.
Сразу после ареста Берии, 26 июня 1953 года, жена Огольцова отправила письмо Георгию Маленкову, который сменил Сталина на посту главы правительства:
«Еще так недавно 1 ноября 1952 года позвонил Огольцову в Ташкент товарищ Сталин. Предлагая вернуться на работу в Москву, он сказал: «Не я вам доверяю, а партия вам доверяет». Как же могло случиться, чтобы через месяц после смерти вождя Огольцов оказался государственным преступником?.. Мы с дочкой просим Вас, Георгий Максимилианович, вмешаться в судьбу Огольцова».
Из секретариата Маленкова позвонили жене Огольцова, сказали, что с ее мужем все будет хорошо.
Раиса Сергеевна написала ему новое письмо:
«Дорогой Георгий Максимилианович!
Звонок от Вас влил струю жизни, озарил нас ярким лучом надежды на близкую радостную встречу с мужем и отцом. Мы ждем его каждый день, каждый час, каждую минуту. Мы ждем его потому, что мы, как в себе, уверены в невиновности Огольцова…
Когда Огольцов, не работая почти месяц, находился дома, он ходил в министерство писать объяснения, которые от него требовал Берия. Заметно нервничая, он называл кощунством то, что от него требовали. Разговаривая по телефону с товарищем Игнатьевым, он говорил, что от него требуют объяснения по делу, которому в свое время товарищ Сталин дал очень высокую оценку…»
Огольцова освободили, но лишили ордена, полученного за убийство Михоэлса – операции, которой «Сталин дал очень высокую оценку». На следующий год уволили в запас. В 1959 году постановлением правительства он был лишен генеральского звания «как дискредитировавший себя за время работы в органах и недостойный в связи с этим высокого звания генерала». Этим наказание исчерпывалось.
А ведь прокуратура обязана была возбудить дело об убийстве Михоэлса и Голубова-Потапова и посадить убийц на скамью подсудимых. Но в Кремле не позволили предать гласности эту позорную историю, как и многие другие. Не могли признать, что Сталин