Наиболее распространена у авар гаплогруппа N1a (обнаружена она и у кагана). Все авары с гаплогруппой N1a принадлежали к N1a1a-M178. Аварский образец MM/58 не вошел ни в один из протестированных подклассов M178, в то время как для Аварского кагана KB/300 только N1a1a2 мог быть исключен из-за низкого охвата. Все остальные 5 образцов аваров принадлежали к N1a1a1a1a3-B197, которая наиболее распространена у чукчей, бурят, эскимосов, коряков и встречается среди тувинцев и монголов с более низкой частотой.
Двое авар (один в ранний, а другой в поздний периоды) были носителями гаплогруппы C2-M217, которая распространена в основном в Центральной Азии и Восточной Сибири.
Один авар принадлежит к гаплогруппе G2a-P15, которая происходит из Анатолии/Ирана. Сейчас она имеет наибольшее распространение в Кавказском регионе. Распространение этой гаплогруппы в Европе связано с расселением неолитических земледельцев из Анатолии.
Двое авар имели гаплогруппу R1a. R1a1a1b2a-Z94 (Z2124) (568—630) и R1a1a1b2a-Z94 (Z2124) (630—650/66) – восточно-евразийская ветвь гаплогруппы R1a. В настоящее время Z2124 наиболее часто встречается в Кыргызстане и Афганистане, а также широко распространена у карачаевцев, балкарцев и башкир. В эпоху бронзы она обнаружена у населения синташтинской и афанасьевской (видимо, генетики спутали андроновскую и афанасьевскую культуры. Для Афанасьевской культуры характерна R1b) культур. R1a, обнаруженная у гуннов (хунну, Xiongnus), вероятно, принадлежит к этой же ветви [265].
У авар обнаружены также средиземноморская гаплогруппа E1b1b1a1b1a-V13 (один образец) и скандинавская I1-M253 (один образец).
Язык авар.
В большинстве источников принято считать аваров тюркоязычными. Е. Хелимский считал, что «Доминирующим языком Аварского каганата во второй половине VI в. или даже единственным языком его правителей был язык тунгусо-маньчжурской группы, который обнаруживает достаточную близость пратунгусо-маньчжурскому состоянию и одновременно специфическую близость более поздним маньчжурскому и чжурчжэньскому языкам.
Начиная со второй половины VII в. и особенно после разгрома Аварского каганата франками на рубеже VIII/IX вв. язык ранних аваров все сильнее оттеснялся на второй и третий план «протоболгарским» языком (языком дунайских или дунайско-паннонских булгар-тюрков) и славянским языком основной части населения каганата» [200].
Е. Хелимский идентифицирует авар с центрально-азиатскими жуань-жуанями V—VI вв., в которых видит ранних тунгусо-маньчжуров (предшественников чжурчжэней и маньчжуров). По его мнению, социально-политическая терминология Аварского каганата сложилась на востоке в государстве жуань-жуаней и была принесена на запад аварами. На востоке она была частично заимствована их тюркскими современниками, а также монголами. В частности, по Е. Хелимскому, аварскими и соответственно, тунгусо-маньчжурскими, являются слова каган, хоругвь, возможно также, qatun (супруга кагана), tarqan, (tarcan), tudun, župan [200].
По-видимому, авары участвовали в этногенезе пруссов.
По мнению В.И.Кулакова