Вернувшись на родину, владыка Петр I застал разоренную очередным жестоким захватчиком страну. Его отсутствием в июне 1785 г. воспользовался скадарский Махмут-паша Бушатлия. Из-за разногласий черногорских племенных вождей паше удалось разбить их наспех собранные отряды и пройти с войском всю страну, сжигая села, угоняя скот и захватывая в плен жителей. Во время этого набега был в последний раз за бурную историю страны разрушен Цетинский монастырь. Больше туркам никогда не удавалось достичь столицы Черногории.
Хозяйство страны, подорванное грабительским набегом, пришло в совершенный упадок. Зима 1785–1786 гг. стала для Черногории страшной – около 700 человек умерли от голода. Чтобы спасти людей, митрополиту Петру I пришлось отдать приказ перелить в слитки часть золотой церковной утвари и купить в приморье хлеб.
При конце XVIII в. Черногория охватывала территорию от Ловчена до Скадарского озера. В стране исторически оформились две области: собственно Черные Горы и Брда (предгорья, от сербского слова «брдо» – «холм»). Связи между черногорскими и брдскими племенами до этого времени были крайне нерегулярными, что ослабляло экономику и обороноспособность страны. Митрополит Петр I прилагал огромные усилия для их сплочения. Примиряя враждовавших вождей, он угрожал ослушникам своей воли церковным проклятием, что оказывало на набожных черногорцев надлежащее влияние. Для эффективности управления страна была разделена на четыре нахии (турецкий термин, обозначавший область, район). Одной из важнейших заслуг Петра I Петровича Негоша стало то, что страна при нем оформилась как единая географическая и административная общность.
С началом в 1787 г. очередной войны между Российской и Австрийской империями с одной стороны и Оттоманской Портой – с другой, черногорцы выступили на стороне союзников. Главная опасность для страны исходила в тот период не от регулярной османской армии, а от давнего врага – скадарского правителя Махмут-паши Бушатлии. Этот смелый авантюрист фактически отделился от империи и вынашивал планы создания в Албании собственного государства. Черногорские земли он рассчитывал присоединить к своим владениям. В 1796 г., мобилизовав 23-тысячное войско, Махмут-паша вторгся в Черногорию. Владыка Петр I мог противопоставить вторжению только 4 тысячи бойцов и 2–3 тысячи помогавших воинам подростков и женщин. После ожесточенной борьбы и первой победы черногорцев 11 июля в бою при Мартиничах генеральное сражение произошло 22 сентября близ деревни Круси. Петр I Петрович Негош, руководивший своими ополчениями, вдохновлял их словами: «Вы защищаете свою веру, свои очаги, свою честь перед всем миром; вы… – свободные люди, вам не нужна другая награда… кроме вашей вольности!»