После проведенных ремонтных работ яхта, обладая особым статусом, оказалась в тройном подчинении: командующего Морскими силами Черного моря, а также «напрямую» в подчинении Морского министра и флаг-капитана его императорского величества. Таким образом, корабль нес службу по специальным поручениям этих трех должностных лиц, в том числе конвоировал приходившую на Черное море императорскую яхту «Штандарт».
В феврале 1913 года Черноморский флот, как и вся Россия, отмечал 300-летие царствующего дома Романовых. На кораблях эскадры, в том числе и на «Алмазе», проходили высочайшие смотры и служили молебны. В Севастополь прибыл император Николай II, который, посетив обновленный корабль, остался весьма доволен его внешним видом и даже лично вручил офицерам памятные медали.
В начале 1914 года, после достаточно удачных опытов по подъему и спуску на воду с борта крейсера «Кагул» гидроаэропланов типа «Curtis», командующий Морскими силами Черного моря вице-адмирал А. А. Эбергард предложил приспособить его вместе с однотипным крейсером «Память Меркурия» и яхтой «Алмаз» под носители этих аппаратов для разведывательных целей. На это морской министр 14 февраля ответил: «Разрешаю на двух крейсерах, что же касается яхты "Алмаз" – то до моего личного осмотра устройства на первом ничего не делать».
Командир яхты «Алмаз» капитан 2-го ранга А. И. Сергеев и командующий морскими силами Черного моря адмирал А. А. Эбергард на борту корабля. Памятный снимок с экипажем. 1912 г.
Вместе с тем один из первых проектов вооружения яхты «Алмаз» двумя такими гидроаэропланами, размещенными на крыше адмиральской рубки, был разработан подпоручиком по Адмиралтейству А. Е. Жуковым ровно месяц назад. Подъем и спуск на воду летательных аппаратов предлагалось осуществлять с помощью установленной на бизань-мачте съемной грузовой стрелы длиной 15 м и грузоподъемностью 737 кг. Несколько позже, 18 февраля, за подписью главного корабельного инженера Севастопольского порта генерал-майора А. П. Титова предложили еще один проект расположения на яхте «Алмаз» гидроаэропланов – между грот– и бизань-мачтами. Однако под их носитель его приспособили по несколько иному варианту лишь после начала Первой мировой войны.
20 мая 1914 года командиром яхты «Алмаз» назначается капитан 2-го ранга А. С. Зарин, который оставался в этой должности до начала августа 1916 года.
Авианесущий корабль «Алмаз», оборудованный грузовыми стрелами для подъема и спуска на воду гидроаэропланов
По предвоенным мобилизационным планам «Алмаз» намечалось перевооружить путем установки на нем четырех 75-мм (поставлены после прихода яхты в Черное море), двух из шести 47-мм орудий и шести 120-мм на станках Металлического завода. Стоимость этих работ оценивалась в 28 600 руб.