В результате осуществления военных программ появилась система национальных лабораторий и всевозможных исследовательских центров[9]. Такие лаборатории, как Окриджская в штате Теннесси, Хэнфордская в штате Вашингтон, Лос-Аламосская в штате Нью-Мексико и Ливерморская в штате Калифорния, стали главными работодателями для ученых, инженеров и математиков. По словам Майкла Денниса, эта трансформация в области финансирования науки породила политические дебаты о характере науки. Она грозила низвести ученых до положения наемных техников, превратить их из производителей знания с высочайшим уровнем подготовки всего лишь в квалифицированных работников. Такой статус мог подорвать их профессиональные притязания на универсальность, нейтралитет и самостоятельность[10].
Финансирование из оборонного бюджета стало преобладающим для исследований в области фундаментальной науки. Хотя некоторые гражданские федеральные агентства, например Национальный научный фонд (созданный в 1950 году) и Национальные институты здравоохранения (формально организованные в 1930 году, но имеющие более долгую историю в рамках федеральных программ общественного здравоохранения), стали играть более заметную роль в финансировании научных исследований, оборонные ассигнования господствовали в этой сфере на всем протяжении 1950-х и 1960-х годов. В 1958 году 41 % фундаментальных исследований в университетах США велся на средства агентств и программ Пентагона. Однако в 1960-е годы с усилением студенческих волнений и протестов преподавателей высшей школы против участия США в войне во Вьетнаме ситуация изменилась. Во многих университетах секретные оборонные исследования стали восприниматься как не отвечающие миссии учебного заведения. Советы факультетов голосовали за запрет получения денег от Пентагона, и университеты разрывали связи с такими финансируемыми министерством обороны организациями, как Лаборатория