Боярский суд вел дело весьма осмотрительно и осторожно. Судьи намеренно не придали значения показаниям князя Семена насчет заговора княгини Евфросиньи и знатных бояр. Главными сообщниками Ростовского были объявлены княжие холопы.
Осужденный на смерть князь Семен был выведен для казни на площадь «на позор», но приговор не был приведен в исполнение. По ходатайству митрополита Макария казнь была заменена тюрьмой. Боярина отправили в заточение на Белоозеро. Его вооруженную свиту распустили.
В беседах с литовцами боярин Ростовский поносил и оскорблял Захарьиных, имевших все основания настаивать на расправе с изменником. Если бы Захарьиным удалось добиться суда над Старицкими и их сообщниками, они могли бы изгнать из думы противников и упрочить свои позиции при дворе. Но их старания не поддержали ни руководство Боярской думы, ни духовенство.
После осуждения Ростовского, утверждал Грозный, Сильвестр с советниками «того собаку почали в велице брежении держати и помагати ему всеми благами». Слова Грозного не были домыслом. Сохранилось утешительное послание Сильвестра к некоему опальному вельможе, история которого как две капли воды напоминала судьбу князя. Вельможа был «у смертного часа», лишился всего «стяжания», был отослан «в далечие страны». Священник советовал опальному не слушать тех, кто наущает «злословие и укорение износити на государя», «да не внидет в сердце твое… на государя хулен помысел и глагол неблагочестив». Сильвестр сообщил вельможе о том, что «умилостивилася душа царская»: решено устроить князя поместьицем и вернуть вотчинку, «а и вперед не оставит Бог слез твоих». В самом деле, Ростовский был возвращен на службу, а его сообщник князь Андрей Катырев, готовившийся вместе с князем Семеном бежать в Литву, был произведен в бояре.
Кровавые казни, произведенные по приказу царя в дни его юности, были забыты.
Увлечение религией оказалось благотворным. Духовные пастыри успели внушить государю мысль о том, что помазанник Божий должен править милостиво. Наставления Пересветова насчет правления «с грозой» и сдирания кожи с изменников сочтены были несвоевременными. Теперь монарх открыто осуждал жестокость своих предшественников и считал мучениками погибших от их руки. Слова его находили живой отклик в сердцах князей, удостоившихся его дружбы. Один из этих друзей записал слова Ивана: «Аз от избиенных от отца и деда моего, одеваю гробы их драгоценными оксамиты и украшаю раки неповинные избиенных праведных».
Кого имел в виду «милостивый государь»? Осуждал ли он деда и отца за расправу с братьями, племянником, другой родней? Если государь и украшал гробницы, то скорее всего своей родни, похороненной в кремлевских соборах.
Максим Грек был одним из наставников самодержца. И он сам, и его ученики (одним из них был Курбский) выступали решительными