Афанасьевич Булгаков родился 3 мая 1891 года (по старому стилю) в Киеве в семье доцента Киевской духовной академии Афанасия Ивановича и Варвары Михайловны, только-только, в 1890 году, начавших совместную жизнь. Афанасий Иванович, сын священника Ивана Авраамьевича, получил духовное образование, сначала учился в семинарии, затем в академии. Перед поступлением в академию ему пришлось дать подписку в том, что после окончания курса в академии он обязуется поступить на «духовно-училищную службу». Только после этого обязательства ему выдали «прогонные и суточные на проезд, а также на обзаведение бельем и обувью». После академии, в 1886 году, Афанасий Булгаков успешно защитил магистерскую диссертацию и получил звание доцента. Преподавал в академии общую древнюю гражданскую историю, историю и разбор западных исповеданий, в Институте благородных девиц преподавал историю, занимал «должность киевского отдельного цензора по внутренней цензуре». Хорошо знал греческий, английский, французский, немецкий языки. Знания языков ему пригодились в должности цензора по иностранной цензуре. При обыске и аресте изымали книги на иностранных языках и посылали в цензуру, Афанасий Иванович их просматривал и давал свои рекомендации. Приходилось ему читать и «Коммунистический манифест». Но это – ради денег: семья разрасталась, один за другим появлялись дети (Вера в 1892-м, Надежда в 1893-м, Варвара в 1895-м, Николай в 1898-м, Иван в 1900-м и Елена в 1902 году), росли потребности, жалованья доцента академии не хватало, вот и брался за сверхурочную работу. Но главным для Афанасия Ивановича все же было преподавание и научная работа. А. С. Бурмистров подсчитал, что за свою недолгую жизнь А. И. Булгаков написал более 250 авторских листов, в том числе и такие книги, как «Старокатолическое и христианско-католическое богослужение и его отношение к римско-католическому богослужению и вероучению» (Киев, 1901) и «О законности и действительности англиканской иерархии с точки зрения православной церкви» (вып. 1. Киев, 1906). За эти книги А. И. Булгаков получил степень доктора богословия (А. С. Бурмистров. К биографии М. А. Булгакова (1891–1916). Контекст. 1978. См. также: Лидия Яновская. Творческий путь Михаила Булгакова. М., 1983.)
Варвара Михайловна, урожденная Покровская, была на десять лет моложе своего мужа. В ее брачном свидетельстве протоиерей Казанской церкви в городе Карачеве Михаил Васильевич Покровский, ее отец, венчавший Булгаковых, отметил, что Варвара Михайловна была «преподавательницею и надзирательницею» женской прогимназии.
«Мама, светлая королева» – такой запомнилась она своему старшему сыну Михаилу Афанасьевичу Булгакову.
Крестили Михаила Булгакова в Кресто-Воздвиженской церкви на Подоле 18 мая. Крестной матерью была его бабушка Анфиса Ивановна Покровская, в девичестве – Турбина. Крестным отцом – Николай Иванович Петров, пятидесятилетний ординарный профессор, автор множества статей по истории западных литератур, а также книг по истории украинской литературы XVII–XIX веков.
В биографических исследованиях о М. А. Булгакове упоминается и его бабушка
