С первого и до последнего дня существования Александровских классов постоянно давали себя знать проблемы, связанные с отсутствием учебных пособий, собственного помещения, недостатком преподавательских кадров и скудостью финансирования.
Из учебных инструментов в 1890—1891 учебном году классы имели всего 2 секстана (1 из них был прислан из ликвидированного Тобольского мореходного класса еще в декабре 1889 г.), 14 чертежных инструментов для прокладки и 16 чертежей, учебники и учебные пособия поначалу вообще отсутствовали: «ученики классов положительно бедствуют, не имея подходящих и даже каких-нибудь учебников – школа не имеет сама их. Некоторые и готовы были бы купить, но не знают где, какие и как достать».
Из-за отсутствия учебников занятия проводились исключительно со слов преподавателей, наибольшую нагрузку несли на себе 2 штатных преподавателя (при этом оплата им за учебные часы приближалась к размерам штатных окладов), а 3 преподавателя-совместителя имели от 4 до 7 учебных часов в неделю. Позже добавились еще 2 преподавателя, но отношение их к порученному делу было небрежным. Жалобы о том, что преподаватели мореходных классов, на оплату труда которых в основном и уходили денежные средства, пропускают уроки, неоднократно расследовал сам губернатор119. На 7 учителей приходилось тогда всего 14 учеников (т.е. в среднем по 2 подопечного на каждого), из которых только у четырех-пяти наблюдалось «сознательное отношение к делу».
Практика учеников Александровских классов была организована следующим образом: весной они участвовали в снаряжении коммерческих шхун и в сборке механизмов на военных судах, в осмотре мастерских порта, с мая по октябрь находились в практическом плавании на коммерческих судах купцов Шевелева (пароходы «Байкал», «Владимир», «Стрелок» и «Новик»), Линдгольма (шхуна «Сибирь») и Федорова (речной пароход «Пионер»), при этом получали по 10 руб. жалованья в месяц на необходимые расходы. Позже ученики проходили корабельную практику также на шхуне «Лебедь» купца Старцева, ходившей с грузом между островом Путятина и населенными пунктами залива Петра Великого, и на принадлежавшей Приморскому