Миграции эстонцев на территорию Урала активизировались в начале ХХ в. Однако в этот период большая их часть была направлена в районы Среднего Урала – в Пермскую губернию. Продолжает осваиваться эстонцами и Уфимская губерния, где в начале ХХ в. возникают еще несколько эстонских колоний – хутор Абдрезяк (1910) Златоустовского уезда, поселения Линда (1902), Эстонка (1902), Сакала (1902) в Белебеевском уезде в непосредственной близости от колонии Крымский хутор61. Исследователи отмечают в Уфимской губернии и колонию Тигазинскую (Зигазинскую)62. Характерной чертой этого периода стало и формирование эстонского городского населения в губернских и уездных городах Урала. По сведениям А. Ниголя, городское эстонское население было представлено жителями Перми (300 человек), Екатеринбурга (300), Златоуста (100), Верхнеуральска (более 60 человек)63.
Эстонские поселения в конце ХIХ – начале ХХ в. возникают и на смежных территориях Приуралья, в пограничных с Пермской губернией Сарапульском и Глазовском уездах Вятской губернии. В Вятской губернии первая деревня возникла в 1894 г. в Сарапульском уезде (Казекюла, она же Березовка), вторая – КнязевоЭстония – в 1907 г. в Глазовском уезде64. Таким образом, районы Среднего и Южного Урала стали одними из регионов России, куда в ходе миграционного движения на восток устремились эстонские крестьяне. Большая часть поселений была основана в более благоприятных территориях Южного Урала – в Уфимской губернии, в меньшей степени – в губернии Пермской. Эстонцами осваивались территории преимущественно западной части Урала.
По данным переписи 1926 г., на Среднем и Южном Урале отмечено в Башкирской АССР 1 190 эстонцев, среди которых 115 городских жителей и значительное большинство – 1 075 – сельских, в Оренбургской области в этот период проживало 53 эстонца. В 16 округах огромной Уральской области насчитывалось 2 177 эстонцев65, при этом за исключением западносибирских Тюменского, Тобольского и Ишимского округов, где численность эстонцев составила 70 человек, в уральских округах области проживало 1 476 человек. События 1920–1930-х годов, связанные с индустриализацией, раскулачиванием и репрессиями 1930-х годов, добровольные и принудительные переселения привели к новым миграционным потокам и увеличению эстонского населения в регионе. Согласно данным переписи 1939 г. по-прежнему значительная часть эстонцев зафиксирована в местах традиционного проживания