В средине XVII в., по инициативе Патриарха Никона, началось исправление богослужебных книг. Эта реформа, непринятая частью церковных кругов, привела к расколу Русской Православной Церкви в 1666 г. и появлению старообрядчества. Приверженцы старообрядчества (до 1905 г. они назывались «раскольниками») вынуждены были бежать от преследований в глубь Руси и основывать свои поселения и обители. Крупными старообрядческими центрами стали Боровск и Сухиничи в Калужской епархии. Сам протопоп Аввакум был дважды сослан в Боровск, там же были заточены и скончались его сподвижницы, сестры Соковнины.
Расширение границ Московского государства в XVII в., освоение новых территорий, повлекло за собой создание новых церковно-административных центров. В 1667 г. была учреждена Белгородская епархия, а в 1682 г. – Воронежская, во главе которой Петр I поставил свт. Митрофана. Выдающиеся пастыри занимали административные посты и в XVIII столетии. Так, в 1702–1709 гг. Ростовскую кафедру возглавлял свт. Димитрий (Туптало), в 1748–1754 гг. епископом Белгородским был св. Иоасаф (Горленко), в 1775–1812 гг. митрополитом Московским и Коломенским являлся Платон (Левшин).
В 1764 г. императрицей Екатериной II была проведена секуляризационная реформа, упразднившая часть монастырей, а оставшуюся часть лишившая владений. Из 954 монастырей Русской Церкви, после 1764 г. действующими осталось 418.
В 1771 г., во время русско-турецкой войны, на Русь обрушилась беда – была занесена чума. Эпидемия охватила многие регионы центральной России, в том числе Москву. Попытка московского митрополита Амвросия ограничить поклонение чудотворной Боголюбской иконе Божией Матери у Варварских ворот Китай-города спровоцировала Чумной бунт – одно из самых крупных восстаний XVIII в. Правительством были предприняты существенные меры для борьбы с эпидемией. В частности, указ 1771 г. положил конец существованию Божиих домов (скудельниц) и кладбищ при церквях. Отныне, для погребений отводились специальные территории за городской чертой.
Церковь разделила со своим народом скорби 1812 г. Храмы подвергались обстрелам и разрушениям, церковные сокровища похищались, горели уникальные монастырские древлехранилища, но между тем духовенство оказывало посильную помощь в борьбе с неприятелем.
В 1821 г. в Калужской земле произошло одно знаменательное событие. При монастыре Оптина пустынь был основан Предтеченский скит. Так было положено начало знаменитому оптинскому старчеству.
Наибольшие потрясения принес XX в. В начале столетия доживали свои последние тихие годы русские монастыри. Еще в самом начале века нес подвиг старчества в скиту Троице-Сергиевой лавры прп. Варнава Гефсиманский. Он скончался в 1906 г. и в том же году, в Зосимовой пустыни на старчество был благословлен св. Алексий (Соловьев). Последними старцами Оптиной пустыни были препп. Анатолий (†1922), Нектарий (†1928)