Его широкая агитационно-пропагандистская, теоретическая и издательская деятельность быстро привлекают внимание правительств «демократических стран». 21 декабря 1881 г. Кропоткин был арестован французской полицией в Лионе. За анархистскую пропаганду во Франции в январе 1883 г. суд приговорил его к 5 годам тюремного заключения и штрафу в 2 тыс. франков. Наказание он отбывал в тюрьмах Лиона и Клерво. В январе 1886 г. Петр Алексеевич досрочно освобожден по требованию мировой научной общественности. Ему пришлось переехать в Англию, где теоретик анархизма и прожил следующие 30 лет своей жизни.
Лекционные туры Кропоткина в США и Канаду в 1897 и 1901 гг., сопровождавшиеся выступлениями перед многотысячной аудиторией рабочих, студентов, интеллектуалов, вызвали резкую реакцию правительства. В 1903 году Конгресс принял закон, запретивший въезд анархистов в США.
В эмиграции Кропоткин продолжал исследования в области геологии и географии. Он становится членом Британской научной ассоциации, сотрудничает в Британской научной энциклопедии, ведет раздел «Современная наука» в журнале «Девятнадцатый век», сотрудничает во многих научных и общественно-политических журналах и газетах Великобритании и США. Всемирную известность получила его книга «Великая Французская революция. 1789–1793» (1909 г.). Значительная часть ее была посвящена исследованию роли народных движений в революционных событиях конца XVIII в. Большой успех среди читателей имели воспоминания «Записки революционера» (1902 г.). В первые два десятилетия XX в. они были переведены на ряд иностранных языков и изданы в различных странах Европы, Америки и Азии.
Наиболее известные работы Кропоткина конца XIX – начала XX вв. посвящены разработке различных аспектов теории анархического коммунизма. Среди них «Речи бунтовщика» (1885 г.), «Справедливость и нравственность» (1888 г.), «Нравственные начала анархизма» (1890 г.), «Хлеб и Воля» (1892 г.), «Анархия, ее философия, ее идеал» (1896 г.), «Поля, фабрики и мастерские» (1898 г.), «Взаимная помощь, как фактор эволюции» (1902 г.), «Современная наука и анархия» (1913 г.). Выступая с позиций философии позитивизма, Кропоткин утверждал многофакторность исторического процесса, рассматривая общество как равнодействующую «различных факторов и противоположных тенденций»: «общество, в настоящем его виде, конечно, не является результатом какого-нибудь основного начала, логически развитого и приложенного ко всем потребностям жизни. Как всякий живой организм, общество представляет собой, наоборот, очень сложный результат тысячи столкновений