Дальнейшее исследование подземных помещений показало, что все они расположены за пределами Кремля, лишь слегка уходя под кремлевскую стену. Глубина заложения тайников составляла 9 м. Назначение подземных строений так до конца и не было выяснено.
И. Е. Забелин высказывал мнение, что помещения являлись продолжением дворцового Судного приказа: помещения «представляли как бы каменные мешки, в которые никакого другого входа не имеется. С левой стороны ворот у самой стены в XVII столетии находился дворцовый Судный приказ. К нему-то или от него внутри стены и существовала упомянутая лестница, впоследствии закладенная, когда и сами тюрьмы были оставлены».
Кроме того, Забелин настаивал на том, что существовал лишь один выход из подземных палат – к Судному приказу.
В 1852 году при обнаружении подземных палат в своем рапорте министру двора президент Московской дворцовой конторы сообщал следующее: «Кроме найденной трубы, соединяющей подвалы, в стенках сих подвалов открылись таковые же проходы или малые коридоры шириною до 1,5 аршина и вышиною до 2 аршин, которые прежде, вероятно, выходили в бывший около стены кремлевский ров, что ныне кремлевские сады, и служили, как должно полагать, средством для вылазок при бывших осадах Кремля; сделанные же неизвестно когда облицовки цоколей означенные трубы заложили».
Н. С. Щербатов отстаивал свою версию относительно того, что из нижней задней подземной палаты обязательно должен существовать проход внутрь кремлевской стены.
Достаточно много времени заняла расчистка палат от мусора и земли. Тогда же в одном из помещений были найдены человеческие останки со следами насильственной смерти, а также осколки изразцовой плитки и обломок меча.
Вот что писала газета «Московские ведомости» о находке, сделанной в передней нижней подземной палате: «Еще при первых осмотрах палаты, после открытия ее, исследователями было обращено внимание на имеющуюся небольшую брешь в стене, обращенной к Кремлю. С выемкой земли около стены размеры бреши продолжали увеличиваться, и в настоящее время оказывается, что она пробита внутрь не особенно глубоко, по стене же идет аршинов на 5 в ширину; что же касается протяжения ее вниз по стене, то это может выясниться только при окончательной очистке стены от земли до пола; теперь же протяжение бреши сверху вниз равняется приблизительно 2 аршинам. Зачем пробивалась брешь в стене – трудно сказать. А для разных предположений здесь открывается широкое поле. Может быть, в старину производились исследования кремлевских тайников, как это делается теперь».
К сожалению, Щербатову не удалось довести до конца свои изыскания. Раскопки были остановлены архитектором М. Н. Литвиновым, наблюдавшим за работами, который решил, что своды нижних