Вместе с тем, результаты исследования палеоДНК древнейших европейцев, показывают наличие в их геномах ДНК неандертальцев и отсутствие связи с современным населением этой части света. Так, итоги исследования обитателей пещеры Бачо Киро (Болгария), живших 42,5—46 тыс. лет назад, у которых обнаружены следы гибридизации с неандертальцами за шесть-семь поколений до их рождения, свидетельствуют об отсутствии преемственности между создателями индустрии бачокирьена и современными европейцами. Гаплогруппы С1 (C-F3393) и F (F-M89), определенные у них, в настоящее время очень редки и встречаются с низкой частотой лишь в Юго-Восточной Азии и Японии [184].
Расшифровка генома современного человека, череп которого найден в пещере Златый кунь (Zlatý kůň) (Конепрусские пещеры, Чехия), показала, что это женщина, представительница митохондриальной гаплогруппы N. Жила она ~ 43 тыс. лет назад (~43 ka (95% highest posterior density = 31.5—52.6 ka)). Неандертальские гены предок этой женщины получил за 70—80 поколений до её рождения. Женщина из Zlatý kůň генетической преемственности с насельниками Европы, жившими после 40 тыс. лет назад, не имеет. Исследователи считают, что вероятной причиной этого может быть мегаизвержение Флегрейских полей и делают вывод, что большая часть неандертальских генов современным человеком получена в результате смешения с неандертальцами, родственными будущим европейским неандертальцам, а не обнаруженным на Горном Алтае [230].
Женщина из пещеры Златый кунь (Zlatý kůň) (Конепрусские пещеры, Чехия) [227]
S. Condemi et al. (2021), исследовав геномы неандертальцев, денисовца, папуасов, австралийцев-аборигенов и др., обнаружили, как они полагают, свидетельства гибридизации между левантийскими неандертальцами и Homo sapiens около 65 тыс. лет назад. По их мнению, гибридизация произошла во время раннего расселения Homo sapiens через Аравийский полуостров в направлении Австралии и Океании [159].
В исследовании M.A. Almarri et al. (2021) установлено, что в популяциях Ближнего Востока доля генетического вклада неандертальцев, в целом ниже, чем в популяциях Европы и Восточной Азии. По мнению исследователей, это обусловлено двумя причинами: неандертальские фрагменты размывались в ближневосточных геномах из-за смешения с африканской линией и из-за смешения с линией базальных евразийцев11 (те и другие вовсе не имеют неандертальских генов). По этим двум причинам аравийские популяции имеют меньшую долю неандертальского вклада, чем левантийские [140].
Из результатов исследования M.A. Almarri et al. (2021) можно сделать ещё один вывод – гибридизации неандертальцев и современного человека на Ближнем Востоке не было. Косвенно данный вывод подтверждается тем, что в «пещере Кзал-Акир