Первоначально интерес Юнга к работе в клинике был скорее теоретическим, нежели практическим. Он хотел наблюдать, «как человеческий ум реагирует на зрелище своего собственного распада», полагая, что этот распад был изначально обусловлен физическими причинами. Юнг надеялся, что, изучая психические «отклонения от так называемой нормы», он узнает что-то определенное о природе человеческой души. Его коллеги, более занятые установлением диагноза и статистическими подсчетами, часто посмеивались над его странными занятиями. Однако Юнг все больше приходил к убеждению, что понятие «душа» не только означает нечто реальное, но и «является самым основным, самым реалистическим понятием в психологии» (Stern, 1976, p. 56).
Вскоре он начал публиковать свои первые клинические работы, а также статьи по применению разработанного им же теста словесных ассоциаций. Юнг пришел к выводу, что с помощью словесных связей можно обнаружить определенные «сгустки» чувственно окрашенных мыслей, понятий, представлений и тем самым дать возможность проявиться болезненным симптомам. Суть теста заключалась в оценке реакций пациента по временной задержке между стимулом и ответом. В результате выявлялось соответствие между словом-реакцией и самим поведением испытуемого. Значащее отклонение от норм позволяло говорить о существовании аффективно-нагруженных бессознательных идей, и Юнг ввел понятие «комплекс», чтобы описать их совокупную комбинацию[2].
В феврале 1903 года Юнг женился на 20-летней дочери преуспевающего фабриканта Эмме Раушенбах (1882–1955), с которой прожил вместе 52 года, став отцом четырех дочерей и сына. Вначале молодые поселились на территории клиники Бургхольцли, занимая квартиру этажом выше Блейлера, а в 1906 году переехали в новый собственный дом в пригородное местечко Кюснахт, что неподалеку от Цюриха. Годом раньше Юнг начал преподавательскую деятельность в Цюрихском университете. В 1909 году вместе с Зигмундом Фрейдом и другим психоаналитиком – венгром Шандором Ференци, работавшим в Австрии, Карл Юнг впервые приехал в Соединенные Штаты Америки, где прочел курс лекций о методе словесных ассоциаций. Университет Кларка в штате Массачусетс, пригласивший европейских психоаналитиков и праздновавший свое двадцатилетие, присудил Юнгу и его коллегам почетную степень доктора.
Международная известность, а с ней и частная практика, приносившая неплохой доход, постепенно росли, так что в 1910 году Юнг оставляет свой пост в клинике Бургхольцли (к тому времени он стал главным врачом) и полностью сосредотачивается на частной практике, принимая все более многочисленных пациентов у себя в Кюснахте, на берегу Цюрихского озера. В это время Юнг становится первым президентом Международной ассоциации психоанализа и погружается в свои глубинные исследования