Сам Иоахим находился в постоянном общении с греками, и его учение развилось под несомненным влиянием Восточной Церкви. Точно так же, как во Франции Росцелин, Гильберт Порретанский или анонимный лангедокский последователь Гильберта, тоже путешествовавший по православному Востоку и почерпнувший свои взгляды оттуда, Иоахим видел основное извращение христианства и корень всех зол в покушении на тайну Троицы – в том, что «люди, раздувшиеся от схоластики», в теоретических рассуждениях о «единой субстанции» перестали ощущать существование и действие Трёх Лиц Божества. Для Иоахима свет сошёлся клином на этом торжестве возрождённой «сабеллианской ереси»; «если бы он говорил на нашем современном языке, – пишет П. Фурнье, – он, без сомнения, говорил бы о ереси рационалистической, стремящейся затушевать тайны». Споря с Петром Ломбардским и другими родоначальниками рационалистического богословия, Иоахим без устали утверждал учение восточных Отцов, никогда не рассматривающих непостижимое божественное единство иначе как в конкретных проявлениях Трёх Его Лиц.
После смерти Иоахима обвиняли в том, что он называл Римскую Церковь «вавилонской блудницей» и писал: «Римская Церковь более тяжко больна, чем греческая, от неё нет никакой пользы… Греки хорошо сделали, отделившись от Римской Церкви; они ходят больше в Духе, чем латиняне, и ближе к спасению». Но тогда же, в середине XIII века, было доказано, что таких высказываний, в этой форме, в подлинных писаниях Иоахима нет. Напротив, в них есть места, где он исповедует римский примат. Вопрос для него ставился несколько иначе: не о присоединении к Восточной Церкви, но о сохранении на Западе общих традиций неразделённой Церкви, и в восточной духовности его восхищал тот трепет перед божественной тайной, который на Западе затемнялся схоластикой. Он верил, что разделение Церкви будет преодолено на более высоком уровне людьми, живущими в Духе Святом, «духовными людьми», без которых клир вообще не может обходиться, «как апостол Пётр не мог обходиться без Иоанна» (но Иоанн мог обходиться без Петра). Иоахим не сомневался в том, что римский «Пётр» будет возрождён «людьми от Иоанна», – или почти не сомневался, судя по тому, что в личных беседах он всё же именовал Рим «вавилонской блудницей» (возможно также, что, наученный опытом, он избегал излагать письменно предположения, которые могли стать опасными; своим ученикам он советовал хранить его писания с осторожностью и не давать их тем, кто написанное слово «вешает на колокол»).
Как бы то ни было, в своей борьбе с рационалистической ересью Иоахим предупреждал латинян об опасности подпасть под власть Антихриста, стремящегося овладеть престолом св. Петра. А через пятьдесят лет многие из «духовных францисканцев», проникшихся его учением