После недельной остановки в Гонолулу «Кроткий» пошел на Филиппинские острова. Врангель старался идти местами, где, по словам китоловов, могли встретиться еще неисследованные острова или банки. Но никаких новых островов экспедиция здесь не обнаружила.
13 января 1827 года транспорт прибыл в Манилу. Заготовка свежей провизии, постройка новой четверки, вместо захваченной островитянами на острове Нукагива, задержали моряков в Маниле на долгие четыре недели. Только в половине февраля шлюп вышел в море. Дальше путь ничем не был примечателен. Прошли Гаспарский и Зондский проливы, пересекли Индийский океан. У мыса Доброй Надежды встретили сильнейший и продолжительный шторм, на дневку подошли к острову Св. Елены. 31 июня были в Портсмуте, в Кронштадт прибыли 14 сентября 1827 года.
За двухлетнее, успешно выполненное кругосветное плавание на «Кротком» Врангель был произведен в капитаны 2-го ранга и награжден значительным по его чину орденом (Анны 2-й степени). Получаемое им жалование было обращено в пенсию, а время, проведенное в экспедиции, зачтено вдвойне.
В особую заслугу Врангелю ставили то, что впервые в истории нашего флота во время кругосветного рейса он организовал на «Кротком» метеорологические наблюдения, производившиеся регулярно по четыре раза в сутки, а также наблюдения над температурой воды, над течениями и пр. Эти наблюдения были опубликованы в 1882 году.
Вскоре Врангелю предложили стать командиром флотского экипажа и строящегося линейного корабля. Для тридцатилетнего моряка это было большое повышение, но добросовестный и прямодушный Врангель, не чувствуя расположения к гарнизонной службе, имел мужество отказаться от этого предложения и просил назначить его лишь командиром фрегата, что и было исполнено. Он получил назначение на строящийся фрегат «Елизавета». Одновременно его утвердили членом Ученого комитета Морского министерства.
Осенью 1828 года фрегат «Елизавета» был закончен постройкой и перешел на постоянную базу в Кронштадт. Здесь Врангель получил назначение командиром сводной морской бригады и председателем военно-следственной комиссии. Все свободное время Врангель посвящал подготовке к печати книги о своем путешествии на берега Ледовитого океана. Он отдыхал за этим трудом.
Зимой 1828 года Врангель подал прошение об отчислении его на пять лет с действительной службы. На этот срок он решил уехать на Аляску, куда его настойчиво приглашали директора Российско-Американской компании, на должность Главного правителя русских владений. С большим неудовольствием начальство отпускало Врангеля. Его соблазняли перспективой новых высоких назначений, но Врангель настаивал