В течение этого времени фрегат «Св. Павел» ходил из Ливорно в Константинополь и Гибралтар, а при обратном плавании в свои порта Ушакову поручено было отправиться (9 апреля), вместе с фрегатом «Констанция» в Кале, для перевоза дюшеса Кингстон на фрегат «Северный Орел», доставивший его в Россию; с отрядом же он соединился в Доунсе.
По возвращении отряда в Кронштадт и когда все суда, его составлявшие, втянулись в гавань, Ушаков назначен был командиром корабля «Св. Георгий Победоносец»; потом, через несколько месяцев, переведен в Санкт-Петербургскую корабельную команду, и в конце того же 1779 года, по определению Адмиралтейств-коллегии, послан в Рыбинск и Тверь для поставки корабельных лесов, зазимовавших в прошлую навигацию.
Поручение это было исправно выполнено весной 1780 года, и в августе, по определению Адмиралтейств-коллегии, Ушаков назначен командиром императорской яхты, с которой стоял против Зимнего дворца до половины сентября, после чего прибыл в Кронштадт, будучи назначен командиром 64-пушечного корабля «Виктор».
В марте 1781 года в Кронштадте и Ревеле приготовлялась новая эскадра, под начальством контр-адмирала Сухотина, для отправления в Средиземное море. Назначение ее было то же самое, как и двух эскадр: контр-адмирала Борисова и капитана бригадирского ранга Палибина, посланных туда в прошлом году, и ее составляли следующие пять кораблей и два фрегата: 74-пушечный «Пантелеймон» под флагом контр-адмирала Сухотина (капитан 1 ранга Берх); 66-пушечные: «Не тронь меня» (капитан Мельников); «Память Евстафия» (капитан 1 ранга Повалишин); «Европа» (капитан Скуратов); «Виктор» (капитан-лейтенант Ф. Ф. Ушаков); 32-пушечные фрегаты: «Воин» (капитан-лейтенант Шубин) и «Мария» (капитан-лейтенант Прусаков).
Сухотину предписано было взять провизии на шесть месяцев и по возможности не заходить ни в какой порт[16]. Содержание инструкции от Адмиралтейств-коллегии было следующее: «Вследствие принятого Ее Величеством правила защищать торговлю и плавание подданных своих от всякой обиды, Ее Величество намерена сохранять наиточнейший нейтралитет против воюющих держав: Англии с Францией, Испанией и Голландией…
Следовать из Кронштадта до Ливорно и стараться в том же году возвратиться обратно… В военных действиях никакого участия не принимать; но, в случае нападения на купеческие суда, защищать их силой… С королем Датским и Шведским и с Республикой Голландской заключена конвенция, 1781 г. марта 15, в пользу торгового плавания, доколе настоящая война Англии с Францией и Испанией продлится. Итак, прибегающие под вашу защиту шведские, датские и голландские купеческие корабли брать должно только те, которые не имеют военной контрабанды и верные паспорта; но о голландских сие разуметь должно в рассуждении Франции