Осенью 1866 года Скобелев был принят в Николаевскую академию Генерального штаба. Во время пребывания его в академии о нем сложились разные мнения – товарищи ценили в нем выдающегося человека, начальство считало способным, но ленивым. Подобная оценка являлась вполне естественной. Как и большинство даровитых людей, он не мог подходить под общую мерку. Заниматься одинаково внимательно всем, что требовалось академической программой, он не мог. Но зато, зачастую собрав вокруг себя своих сотоварищей по академии, Скобелев читал им какую-нибудь им составленную записку, касавшуюся походов Наполеона или каких-либо эпизодов из русской военной истории. Подобное чтение всегда увлекало слушателей, вызывая оживленные споры и рассуждения.
Благодаря знанию всех европейских языков и любви к чтению, Скобелев знал все, что так или иначе касалось военного дела. Его любовь к военной истории доходила до такой степени, что даже под Плевной, занятый и день и ночь, он находил время для чтения присылаемых ему из Петербурга новинок в этой области. «Всех офицеров прошу побольше читать, что до нашего дела относится», – пишет Скобелев в одном из приказов по войскам Ферганской области. Требуя впоследствии этого от своих подчиненных, Михаил Дмитриевич сам служил ярким примером для них. Скобелев мало того, что читал – он умел читать, выбирая из книг все полезное и поучительное, делая заметки и заставляя окружающих его офицеров комментировать вместе с ним прочитанное.
В ноябре 1868 года штабс-ротмистр Скобелев был причислен к Генеральному штабу с назначением в штаб Туркестанского военного округа. Решение служить на нашей окраине в Средней Азии как нельзя больше согласовалось со взглядами Скобелева на военное дело и с его вечно жаждущей острых, новых ощущений натурой. Только здесь он мог пройти на практике боевую школу, только тут мог быть удовлетворен его мятежный дух.
Туркестану принадлежит длиннейший период деятельности Михаила Дмитриевича. Здесь начал из него вырабатываться будущий герой Ловчи и Зеленых гор; здесь, в роли начальника маленьких отрядов, он проявил личную храбрость, научился понимать солдата и понял его психологию; здесь он выказал себя не только выдающимся военным, но и искусным администратором в качестве военного губернатора и командующего войсками Ферганы. Здесь, наконец, в Ахалтекинскую экспедицию 1880–1881 годов Скобелев проявил себя полководцем в полном смысле этого слова. Служба Скобелева в Туркестане может быть разделена на четыре периода.
В первый период он, причисленный к Генеральному штабу, командует 9-й Сибирской казачьей сотней и на деле показывает, что можно потребовать от нашего казака, если начальник сумеет внушить ему безграничное доверие и уважение к себе. За короткое время командования сотня уже слушалась малейшего движения его рук, смотрела ему в глаза. Личный показ и пример – вот главное чудодейственное средство заставить подчиненного совершить любой подвиг. Это средство применял Скобелев и в чине штабс-ротмистра, переплывая со своей сотней в 1870 году несколько раз Сырдарью, и впоследствии,