В то же время он выражал сожаление, что многие из духовенства на исповеди обращают основное внимание не на нарушения заповедей Евангелия, на зависть, лицемерие, тщеславие, фарисейство, сребролюбие и проч., а на внешние дела, на церковную дисциплину: все ли правила выполнил, как часто ходил в храм, сколько говел перед Причастием, не съел ли молочка в пост и т. п. Это хотя и необходимо, но такие нарушения не столь загрязняют душу, как грехи против заповедей Христовых. Он говорил: «Комара отцеживают, а верблюда поглощают: правила можно вычитать, а причаститься в суд и осуждение».
Особенно его расстраивало, когда слышал, как некоторые священники на исповеди чисто механически «разрешают» верующего от грехов, нисколько не беспокоясь о чистоте его совести. В результате люди начинают смотреть на исповедь как на какой-то обряд, а не как на Таинство Покаяния.
Во время литургии игумен Никон не исповедовал, совершая это или до нее, или, если исповедующихся предполагалось большое число (например, в Великий пост), накануне вечером. Он говорил: «Человек должен молиться во время литургии, а не стоять в очереди».
Если у человека на совести было что-то тяжелое или он не причащался много лет, то батюшка такого человека сразу к Причастию не допускал, благословляя ему сначала походить в течение какого-то времени на богослужения, а иногда откладывал Причащение до очередного поста. При этом он давал такому человеку исполнять дома небольшое правило: определенное количество земных (больным – поясных) поклонов и молитв Иисусовых или мытаря.
Батюшка часто повторял, что самые страшные враги священства – это, с одной стороны, человекоугодие, стремление понравиться народу, с другой – властолюбие, желание командовать людьми, иметь духовных чад (послушных рабов). Это стремление превращает священника в достойного сожаления фарисея, отвергнутого Богом и вызывающего осуждение и насмешки у людей. Такой священник, ищущий славы от людей, находится в прелести. Об этом он говорил всегда с особой горячностью.
Разрушающей веру и Церковь, считал он, практику исполнения так называемых треб, когда священнодействия совершаются скороговоркой, неразборчиво, как-нибудь. Лучше уж меньше прочитать, говорил он, но с благоговением, отчетливо, понятно, нежели так кощунствовать над словами молитв и словом Божиим. Но его требования такого чтения и пения при совершении Таинств Крещения, Брака, Елеосвящения, или молебна, панихиды и т. д., естественно, вызывали негодование у тех, которые считали, что главное – всё вычитать как положено. А понимают ли при этом люди и молятся