Здесь он решил расширить храм при своей келье. В то самое время, как он занимался перестройкой его, один из знакомых ему братьев посетил его и видит, что два незнакомца содействуют ему во всех его занятиях. На вопрос, кто они, преподобный отвечал посетителю, что он не видел и не видит при свои работах никого постороннего. Между тем, как таким образом они разговаривали, незнакомцы стали невидимы.
Когда преподобный безмолвствовал в пустыни, многие из иноков Святой Горы обращались к нему для советов и назидания. Один разбойник, видя это, решил, что приходящие дают преподобному деньги. Он решил убить его и похитить имущество. Однажды он подкрался к келье преподобного и затаился, ожидая, когда будет можно исполнить гибельное свое намерение, однако же, прождав весь день, не видел он Дионисия. Чтоб убедиться, точно ли преподобный возвратился, разбойник приходит к келье и видит там преподобного. Это удивило его. На вопрос, как, когда и каким путем возвращался он в свою келью, преподобный отвечал, что возвратился он обыкновенным путем. Пораженный страхом, разбойник пал к ногам святого и, чистосердечно исповедав грех свой и посягательство на жизнь его, просил у него прощения и ходатайства пред Богом. Преподобный Дионисий простил разбойника и, поговорив с ним, убедил его удалиться в один из монастырей.
Наконец, слава добродетельной его жизни, по воле Божией, вызвала его из пустыни, ибо братия Филофеевской обители, лишившись игумена, убедительно просила преподобного Дионисия заступить его место и быть для них отцом и настоятелем. Дионисий сначала отказывался, признавая себя слабым понести столь тяжкое бремя правления, но впоследствии, узнав, что на то есть воля Господня, оставил свое безмолвие ради спасения братии и вступил в должность настоятеля Филофеевской обители, которая тогда была в ведении болгар.
Приняв на себя правление обителью, он прежде всего озаботился приведением ее в порядок. А чтобы поддержать источник продовольствия, сам лично отправился в Константинополь, дабы испросить милостыни, в чем и помог ему Господь. Однако не вся филофеевская братия приняла мысли нового настоятеля относительно распорядка обители. Они начали жаловаться на преподобного Дионисия. В особенности их возмущало желание преподобного служить на греческом языке. Не желая становиться причиной ропота, преподобный сложил с себя звание игумена и удалился в Веррию, где и поселился в ските преподобного Антония, состоявшего в то время только из двадцати иноков. Здесь по-прежнему проводил он жизнь в неусыпных трудах братского послушания. Там обновил