Исповедь помыслов новоначальных иноков старцу всегда лежала в основах монашеского жительства; она входила как непременное условие в круг духовного воспитания архимандрита Игнатия. Борьба с помыслами мучительна, особенно в начале подвига, когда еще нововступивший не навык ратовать против них орудием молитвы; настроение себя по назиданию книги полезно и необходимо, но недостаточно. Трудно юному управить себя по духовной стезе, не имея в виду примера; а враг особенно сильно ратует именно на тех, которые избирают монастырь с прямой целью спасения, отвергая все мирские преимущества и выгоды: для таких-то духовное руководство живым словом, при исповеди помыслов, истинная находка; оно служит оплотом против наветов врага и делает собственную волю устойчивою. Все это хорошо в том случае, когда старец настолько мудр и опытен, что в состоянии уразумевать открываемые помыслы и постигать их причины и следствия; иначе его совет будет действовать разрушительно, как неверно поданное лекарство. Благоустроению духовного быта новоначального содействует и то обстоятельство, когда старец его находится во главе управления: где многоначалие или зависимость старца, там несвобода духовных отношений. Архимандрит Игнатий соединял в себе и то, и другое, т. е. и мудрость духовную, и внешнюю власть, а потому жительство под его руководством и в его обители было драгоценным приобретением для искавших монашествовать разумно. Несмотря на свою болезненность, он принимал на себя труд ежедневно выслушивать исповедь помыслов; у учеников его было даже обыкновение вести дневную запись их, и они открывали свои помыслы чистосердечно, с прямотою, потому что старец был способен принимать такую исповедь вполне бесстрастно. Польза от исповеди помыслов была для всех очевидна. При этом старец не подвергал учеников своих тягостным испытаниям, а сообразовался с физическими способностями каждого и умственным развитием, так что состояние под его духовным водительством было даже льготно, как в физическом, так и в нравственном отношении.
Вот мнение самого старца Игнатия об исповеди помыслов, основанное на строгом следовании учению