Желев и Клуб поддержки гласности и перестройки привлекали внимание западных радиостанций и болгарских эмигрантских организаций. Он давал многочисленные интервью радиостанциям «Свободная Европа», «Немецкая волна», Би-би-си и «Голос Америки», называя в этих интервью социализм «распадающейся системой».
После демократических реформ ноября – декабря 1989 года Желев стал главой Координационного совета Союза демократических сил и возглавил оппозицию во время болгарского «круглого стола» (3 января – 5 мая 1990 года).
В августе 1990 года был избран президентом Республики Болгарии. В январе 1992 года был переизбран на следующий срок.
С января 1997 года, оставив президентский пост, Желев возглавлял фонд своего имени, который занимался издательской деятельностью и поддерживал демократические политические инициативы на Балканах. Основал Балканский политический клуб.
В марте 2005 года награжден высшим болгарским государственным орденом «Стара Планина». 15 января 2010 года награжден македонским государственным орденом «8 сентября».
В 2016 году, после смерти Желева, его именем был назван горный пик в Антарктиде.
Фашизм. Тоталитарное государство. М.: Новости, 1991; То же на болг.: Фашизмът. София, 1982; 1997; То же на англ.: Fashizmut. New York, 1990; То же на фр.: Le Fascisme: Etat Totalitaire. Genève, 1993.
День освобождения // Русская газета (София). 02.03.2006.
Човекът и неговите личности. София, 1991.
Левски както историческа личност. София, 1992.
Релационна теория на личността. София, 1993.
Интелигенция и политика. София, 1995.
В голямата политика. София, 1998.
Въпреки всичко. Моята политическа биография. София, 2005.
Is communism returning? // The Revolutions of 1989 / ed. V. Tismaneanu. London; New York, 1999.
Желев готовит рекомендации ОБСЕ // Свободная Грузия. 2004. № 124/125.
1990. Август. 1 августа / коммент. К. Р. Кобрина // НЛО. 2007. № 84.
1990. Сентябрь / предисл. и коммент. Искры Баевой // НЛО. 2007. № 84.
Волин Д. Бывший президент Болгарии Желю Желев. (В связи с кончиной 30 января) // ТАСС-ДОСЬЕ. 30.01.2015. URL: https://tass.ru/info/1735379 (дата обращения 04.10.2018).
Валева Е. Л. Желю Желев – философ во главе государства // Политические лидеры в современной Восточной Европе: Сб. науч. тр. М., 2017.
Янков М. За научен, марксистко-ленински анализа на фашизма // Философска мисъл. 1982. № 12.
Фашизмът срещу «Фашизмът» / ред. И. Славов. София, 1991.
Симеонов П. Голямата промяна. София, 1996.
Иванова 1997.
Шесто управление срещу неформалните организации в България 1988–1989. София, 1999.
Дайнов Е. Политически