Так как кафедры после быстрого отъезда иностранцев остались без руководства, Лобачевский был назначен экстраординарным профессором. Казанский университет к этому времени так опустел, что профессора вынуждены были возглавлять по несколько кафедр. Лобачевскому приходилось в буквальном смысле рваться на части, воплощая в своем лице преподавательский состав всего математического факультета.
Вскоре государев ревизор был назначен ректором и принялся за исправление как студентов, так и профессоров. Для студентов Магницкий составил такие правила поведения, что они больше напоминали монастырский устав, чем обычный распорядок учебного заведения. Провинившихся называли грешниками, а карцер носил название «комнаты уединения», на стенах которой можно было видеть изображения сцен Страшного суда. Об этих «грешниках» молились в церквах, к ним посылали духовника. По торжественным дням приготовлялись в университетском дворе обеденные столы для нищих и за столами этими должны были прислуживать студенты – дабы смирялась гордыня и воспитывалось послушание.
Молодого профессора Лобачевского студенты слушали неохотно. Они предпочитали ему некоего Никольского, который учил математике гораздо веселее, в духе дня, каждый раз повторяя: «С помощью Божьей эти два треугольника равны».
В эту странную эпоху торжествующего благочестия даже деловые бумаги писались особым слогом, сильно напоминавшим богословский. Но вера и благочестие не помешали Магницкому воровать так же, как и его предшественник.
Грянула новая ревизия. 6 мая 1826 года Магницкого отстранили, и попечителем был назначен граф М.Н. Мусин-Пушкин. А 3 мая 1827 года совет университета