При открытии училище было рассчитано на 80 учеников, но в первый год своего существования имело лишь 20 воспитанников, половина которых была из числа мусульман. Для последних в учебную программу дополнительно вводилось изучение Корана и правил мусульманского вероисповедания. Училище состояло из трех классов: нижнего, среднего и верхнего; продолжительность обучения в каждом классе составляла два года. Из восточных языков преподавались арабский, персидский и татарский[26]. В нижнем классе преподавали грамматику восточных языков, в среднем – синтаксис и написание сочинений по грамматическим правилам, в верхнем – чтение литературных произведений восточных авторов на языке оригинала[27]. Учебное время распределялось следующим образом: в нижнем классе на татарский язык отводилось шесть часов в неделю, на арабский и персидский – по три часа[28].
В качестве учителей восточных языков были приглашены носители языка, предварительно прошедшие аттестационный экзамен. Учителем татарского языка был назначен сотник 9-го Башкирского кантона[29] Хусейн Абдусалямов (преподавал в училище до самой своей смерти в 1828 г.). Преподавание персидского языка было доверено «находящемуся при мечети Менового двора» имаму Абдул-Гасан Сардакову[30].
Среди воспитанников Неплюевского военного училища и Оренбургского Неплюевского кадетского корпуса особо следует отметить тех генералов и офицеров, которые оставили заметный след в истории русского военного востоковедения – генералы от инфантерии В. Д. Дандевиль и Н. Г. Залесов, генерал-лейтенант В. А. Карликов, генерал-майоры Д. А. Мельников, Р. Ш.-А. Сыртланов, А. К. Разгонов, полковник Д. И. Ливкин, подполковники М. А. Полумордвинов, Г. А. Панкратьев, Н. Н. Стромилов и др.
Среди выпускников Неплюевского военного училища были Мир-Салих Мирсалимович Бекчурин, Салих-Джан Кукляшев и Искандер Батыршин, которые затем преподавали в училище восточные языки. Бекчурин составил несколько учебников, среди которых наиболее известно «Начальное руководство к изучению арабского, персидского и татарского языков с наречиями бухарцев, башкир, киргизов и жителей Туркестана»[31]. Бекчурин также явился автором «Нового самоучителя татарского языка»[32] и казахского букваря. Батыршин служил драгоманом в Оренбургской пограничной комиссии, в 1858 г. в качестве переводчика участвовал в составе военно-дипломатической миссии Генерального штаба полковника Н. П. Игнатьева в Хиву и Бухару. Кукляшев по окончании филологического факультета (разряд восточной словесности) Казанского университета был назначен в 1836 г. в Оренбургское Неплюевское военное училище преподавателем арабского и персидского языков. Продолжительное время служил в составе Оренбургской пограничной комиссии переводчиком восточных языков. Известен как составитель татарской хрестоматии и словаря