Во исполнение Постановления от 29 июля 1939 г., приказом Наркома внутренних дел СССР от 9 августа 1939 г. №00920 были утверждены структура бригады и ее управления (штаб, технико-эксплуатационная служба, отдел МТО), структура авиационных подразделений, штат авиационной техники и личного состава на различных этапах формирования бригады. Таким образом, этим приказом было начато формирование Отдельной авиационной бригады пограничных войск НКВД СССР в составе 11 отдельных авиационных эскадрилий и двух гидроавиационных звеньев трехсамолетного состава.
Этим же приказом Наркома внутренних дел СССР Авиационный отдел ГУПВ НКВД СССР был расформирован, а его личный состав направлен на укомплектование Управления пограничной авиационной бригады.
Командиром бригады был назначен полковник И. М. Чупров (впоследствии он одновременно был помощником начальника ГУПВ НКВД СССР по авиации и начальником авиационного отдела ГУПВ), начальником штаба – майор А. Зиновьев, военным комиссаром – полковой комиссар С. Крышан, помощником командира бригады по технике и эксплуатационной службе – военный инженер 1-го ранга Н. Сергеев, помощником командира по материально-техническому снабжению – полковник Д. Филатов.
В Управлении авиабригады по штату было 85 военнослужащих и 5 вольнонаемных. Штаб авиабригады, входивший в состав управления, состоял из оперативно-разведывательного, боевой подготовки, технического, строевого и кадров отделений и специальных авиационных служб: штурманской, метеорологической, связи, медицинской. Кроме штаба, в составе Управления были летная часть, партполитаппарат, технико-эксплуатационная служба, отдел материально-технического обеспечения и комендатура охраны. Все мероприятия по формированию авиационной бригады, предписывалось завершить к 1 сентября 1939 г.
Летчики Отдельной авиационной бригады Пограничных Войск НКВД. Ст. Быково. 1941 год.
Таким образом, в состав авиабригады, кроме 6-й эскадрильи, переформированной из 6-го авиационного отряда, вошли еще 10 сформированных авиационных эскадрилий и два отдельных гидроавиационных звена, которые оставались в оперативном подчинении начальников УПВО округов. Для усиления авиационного обеспечения охраны западного и северо-западного участков границы направлялись самолеты и звенья 1-й отдельной авиационной эскадрильи, которая, базируясь на аэродроме Быково, являлась резервом начальника ГУПВ. Для технического обслуживания и ремонта авиатехники были созданы межокружные авиаремонтные мастерские в Москве,