Структура Федеральных органов исполнительной власти закреплена Указом Президента Российской Федерации от 15.05.2018 № 215 «О структуре федеральных органов исполнительной власти». Ключевыми субъектами, осуществляющими правовое обеспечение деятельности таможенных органов в современных условиях выступают – Министерство финансов Российской Федерации и подчиненная ей Федеральная таможенная служба.
Согласно Постановлению Правительства Российской Федерации от 30.06.2004 № 329 «О Министерстве финансов Российской Федерации» «Министерство финансов Российской Федерации является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере … таможенных платежей, определения таможенной стоимости товаров, таможенного дела…». Постановление о Минфине закрепляет руководящую роль Министерства финансов Российской Федерации над Федеральной таможенной службой, так в данной нормативном правовом акте говориться следующее – «Министерство финансов Российской Федерации осуществляет координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении Федеральной налоговой службы, Федеральной службы по регулированию алкогольного рынка, Федеральной таможенной службы и Федерального казначейства».
Федеральная таможенная служба России согласно Постановлению Правительства Российской Федерации от 16.09.2013 № 809 «О Федеральной таможенной службе» является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим в соответствии с законодательством Российской Федерации функции по контролю и надзору в области таможенного дела, функции органа валютного контроля, функции по защите прав на объекты интеллектуальной собственности, функции по проведению транспортного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, а также санитарно-карантинного, карантинного фитосанитарного контроля и государственного ветеринарного надзора в части проведения проверки документов в специально оборудованных и предназначенных для этих целей пунктах пропуска через государственную границу