Директивой было определено, что руководство борьбой с диверсионными группами и десантами противника в стране возлагается на КРУ НКВД и КРО НКВД-УНКВД СССР. Все органы НКВД при получении сведений о заброске противником диверсионных групп, задержании диверсантов и агентов должны были немедленно сообщать в НКВД, УНКВД и во второе управление НКВД СССР. При этом оперативные органы НКВД (территориальные, транспортные, экономические, особые, войсковые, милиции) обязывались принимать активное участие в поиске диверсантов. Командование войсковых частей НКВД и Красной Армии обязывалось выделять по требованию руководства местных органов НКВД необходимое количество бойцов и командиров для прочесывания местности и обнаружения десанта. В центре и на местах органы НКВД должны были установить тесные контакты с частями ПВО и службой ВНОС с целью своевременного получения от них сведений о выброске или высадке десанта. Директива требовала розыскные мероприятия по обнаружению десантников проводить быстро, используя для этой цели расположенные поблизости войсковые части НКВД, все находящиеся в распоряжении местных органов НКВД и милиции оперативные группы, истребительные батальоны[35].
Войска НКВД в срочном порядке были повсеместно предупреждены о вероятном развитии событий в ближайшее время и пребывали в постоянной боевой готовности к поиску и ликвидации десанта противника. Военными советами фронтов в спешном порядке были разработаны планы противодесантной обороны. При этом войскам НКВД отводилась роль основной войсковой силы, способной оперативно решать вопросы по ликвидации появившегося противника. Противодесантная оборона включала комплекс мероприятий по пресечению попыток немцев высаживать десанты в прифронтовой полосе и их уничтожению в кратчайшие сроки. Впервые подобные планы были разработаны и успешно выполнялись в Московской зоне обороны в конце 1941 г.
По согласованию с Военными советами фронтов, командным составом Управления войск НКВД по охране тыла и войсковых частей НКВД по месту дислокации, была проведена рекогносцировка наиболее вероятных районов выброски и мест высадки десантов, маршрутов выдвижения к ним от расположения воинских частей. На основе полученных данных были приняты предварительные решения на проведение операций по ликвидации противника[36]. Непосредственная ответственность за подготовку и готовность к противодесантной обороне возлагалась на командиров частей Красной Армии и НКВД, находящихся в данной местности.
Решениями Военных советов фронтов к подготовке противодесантной обороны было привлечено гражданское население[37]. В хуторах, селах, районных центрах были созданы штабы по подготовке противодесантной обороны. Они являлись ответственными за организацию