После возвращения с Востока Шептицкий зарабатывает себе политический капитал с помощью проверенного способа – филантропической и меценатской деятельности. За средства митрополии он разворачивает строительство музея, больницы, выделяет пособия бедным семинаристам, художникам, артистам. При этом умело пропагандирует униатство.
Постепенно резиденция митрополита превращается в центр антироссийских сил. Этот факт не скрывают даже его биографы. Лонгин Цегельский писал: «Раз у раз приїздили та виїздили потайні емісари – висланники-українці з Холмщини, Херсонщини, Полтавщини тощо. В будинках святоюрського палацу проживали утікачі з-під царського кнута, на кошти митрополита виховувались у Львові чи Римі на тайних місіонерів для України і Білорусії…»
В это время произошла встреча немецкого кайзера Вильгельма II с папой Львом XIII. Канцлер фон Бюлов писал, что глава католической церкви сравнил Вильгельма с Карлом Великим, который «склонил весь цивилизованный мир к подножию креста, получив благословение на выполнение этой миссии от Льва III. Теперь… немецкий император также получил… от папы Льва XIII напутствие вернуть Европу в лоно христианства…, поборов социалистические и атеистические течения».
Ватикан рассчитывал, что Вильгельм II своим «дранг нах Остен» поможет вернуть в «лоно христианства», т. е. католицизма, народы России. Папу вовсе не смущала такая «мелочь», как протестантское вероисповедание кайзера…
Тем временем митрополит Шептицкий уделял внимание созданию церковного музея. Убивал он при этом «двух зайцев». Еще во время своей первой поездки на Буковину и в Закарпатье он обратил внимание, что в церквах тщательно сохраняются иконы, написанные в византийском, греко-православном стиле. Это напоминало о православном прошлом, о Хмельниччине… «Мятежные» иконы стали изымать и отправлять во Львов. Вместо этого церкви получали изготовленные в Ватикане иконы с изображениями «новых святых» – таких, как Иосафат Кунцевич. Получалась двойная польза: фонд музея пополнялся ценными экспонатами, а верующие лицезрели «правильных» святых…
В 1903 году умирает папа Лев XIII. Его преемником становится Пий X, также ориентирующийся на австро-немецкие круги. Нового папу беспокоили революционные события в России, тревожила волна массовых забастовок и демонстраций, прокатившаяся по Галиции после событий 1905–1907 годов. Пий Х вызвал униатского митрополита, чтобы тот детально ознакомил его и с настроениями