Казалось бы, согласие достигнуто. Но неожиданно в феврале 1880 года в Петербург приходит неприятное известие – посол Чун Хоу по возвращению в Пекин был арестован и приговорён к смертной казни, а подписанный им договор не ратифицирован китайским императором.
Недовольство китайского правительства было вызвано уступкой России, издавна считавшегося важным Музартского перевала через Тянь-Шань (наиболее удобного прохода из Илийского края в Восточный Туркестан), и долины реки Текес для поселения в ней «жителей Илийского края, которые пожелают принять российское подданство».
Так начался русско-китайский политический кризис, получивший название «Илийского» и Петербургу впервые пришлось задуматься о вероятной войне с Китаем. И хотя сомнений в превосходстве русской армии не возникало, была одна проблема – огромная протяженность сухопутной границы с Поднебесной (около семи тысячи вёрст). В этом случае логистика любых военных операций была чрезвычайно сложной. Ещё в 1878 году Кауфман писал в Петербург, что война с Китаем станет «самой неприятной, самой неблагодарной, дорогой, бесплодной, которой по упрямству китайцев, всем известному, нельзя предвидеть конца…»
Тем не менее, весной 1880 года, в Главном штабе Русской императорской армии приступили к разработке планов вероятной войны. Для этого были привлечены крупнейшие русские военные специалисты по Китаю: Н. М. Пржевальский, Ю. А. Сосновский, А. П. Проценко и др. Свои заключения представили в Главный штаб командующие азиатских военных округов, в зону ответственности которых входила граница с Китаем. Предполагалось, что китайцы начнут боевые действия к концу текущего года одновременно на двух направлениях – в Маньчжурии и в Восточном Туркестане.
Для боевых действий в Синьцзяне Кауфман рассчитывал получить из центральной России не менее одной пехотной дивизии и два кавалерийских полка – эти силы он считал достаточными. Дожидаясь подкрепления, генерал-губернатор подготовил к возможным боевым действиям – 7500 пехоты, около 3500 кавалерии, 46 орудий, 8 ракетных станков и 3 мортиры. Во главе этих сил был поставлен генерал Колпаковский. План, разработанный Туркестанским главнокомандующим, предполагал решительное наступление с двух направлений, из Кульджи и с южных границ Семипалатинской области к «стратегическому оазису» Хами, чтобы отрезать Синьцзян от собственно Китая. При этом предполагалось использовать бежавших в русские владения участников недавнего антикитайского восстания. Кауфман планировал создать в Восточном Туркестане два «буферных» государства: одно дунганское с центром в Урумчи, второе – для уйгуров и узбеков в Кашгарии.
В письме