В апреле 1876 года Абдуллабек собрав полуторатысячное войско засел в местечке Янги-Арык, в высоких горах. 25 апреля он совершил вылазку против солдат Скобелева, но был разбит и бежал в Афганистан.
Когда известие о поражении и бегстве сына дошло до царицы Алая, она со всем своим имуществом попыталась уйти во владения Якуб-бека. Попытка не удалась. На границе ее ограбили кашгарцы и Курманжан вместе с сыном Камчибеком и племянником Мирза-Паясом была вынуждена вернуться назад. В конце июля 1876 года она была захвачена джигитами Шабдан-батыра, служившего в российских войсках.
Скобелев встретил алайскую правительницу со всеми полагающимися ей почестями. Угостив, по восточному обычаю сладостями, надел на неё парчовый халат. Отметив ее огромное влияние на киргизов Алая, попросил ее убедить их склониться на требования России. Её сыновьям он обещал полную безопасность, если они вернутся в Алай к мирной деятельности. Курманжан, поняв бесполезность дальнейшего кровопролития, согласилась на все предложения Скобелева. По всему Алаю разослала она приказ, чтобы «храбрые батыри, взявшиеся за оружие, совершенно спокойно возвращались в свои аулы». Три сына, Махмуд, Хасан и Батыр послушались своей матери и вернулись на родину, Абдуллабек же не захотел подчиниться неверным. Из Памира он пробрался в Афганистан, оттуда ушёл паломником в Мекку, но по дороге заболел и умер. На территории Алая были образованы три волости: Гульчинская, Ак-Буринская и Ноокатская, которые вошли в состав Ошского уезда. Управляли ими сыновья Курманжан.
Алайская царица была верна своему слову и до конца жизни проводила пророссийскую политику, а во время памирских походов русской армии снабжала провиантом отряд полковника М. Е. Ионова, с которым находилась в дружеских отношениях. В одном из писем к нему она писала: «Когда Ферганское мусульманское государство не признавало еще Россию, я воевала и спорила с Вами… В это мирное время я заявляю: весь мой народ, я сама и мои родные никогда не выступим против Вас. От нас никакой неприятности не будет. Если мой народ сделает плохо и станет изменником, тогда накажу виновного самой тяжкой мерой, буду вечно мучиться до конца дней своих».
В 1881 году, по ходатайству Кауфмана, Курманжан-датке была назначена пенсия в размере 300 рублей в год. А в 1902 году в селение Мады, где она проживала, прибыл Ошский уездный начальник,