Подняла голову крамола, и повисла жизнь государя-отрока на тоненькой ниточке, которую бояре-изменники не обрывали только лишь потому, что нужда была с помощью него решать свои дела и громить своих противников. И не было почти средь всех этих крамольников таковых, чтобы искренне и нелицемерно служили государю и государству Московскому. Кто напрямую Западу поддался, кто думал лишь о том, чтобы откусить себя кусок пожирнее от Москвы. Вольница нужна была всей этой жадной своре, вольница ради того, чтобы, взгромоздившись на шею народа русского, втоптать его в рабство и жить припеваючи.
И началось жестокое сиротство будущего грозного государя, номинально уже государем ставшего. Они с братом Юрием, родившимся 30 октября 1532 года – глухонемым под действием ядов, даваемых матери – испытали не царское к себе отношение.
Князья Иван и Василий Шуйские, захватившие полную власть при государе-отроке, тут же устранили верных правящей династии бояр, убрали подальше и митрополита Даниила с дьяком Фёдором Мищуриным, как приверженцев Василия Третьего и Елены Глинской. Они были немедленно отстранены от управления государством, причём, если митрополита Даниила заточили в Иосифо-Волоцкий монастырь, то Мищурина просто казнили без суда и следствия. Сами же «самовольно навязались … в опекуны и таким образом воцарились».
Началась тяжёлая, полная лишения жизнь. Маленьких братьев не кормили, не давали даже воды вдоволь напиться. Так, чтоб не умерли от жажды, да от голода подкармливали.
Приходил к ним Шуйский, усаживался возле кровати родительской и клал ногу в грязном сапоге на покрывало и подушки. Глядел злобно, говорил, сдабривая речь бранью, наставляя, что сказывать надобно на том или ином мероприятии. Дивился маленький Иоанн тому, что происходило. Прилюдно ему почести оказывали те же омерзительные и жестокие Шуйские, а как оставался он один или с братом, то и тумаков отведать иной раз доводилось.
Так жили они на правах не то пленников, не то и вовсе, кого неведомо. А борьба возле престола Московского не прекращалась. Сильна была в те годы и церковь Русская Православная, истинно православная вплоть до раскола Никонианского. Сильны были и её деятели.
Ещё в период правления Василия Третьего, в 1523 году, игуменом Лужецкого Богородицкого монастыря в Можайске стал митрополит Макарий, прошедший к тому времени выдающуюся школу послушника Пафнутиево-Боровский монастыря Рождества Богородицы. Ещё при постриге взял он имя православного аскета-пустынника преподобного Макария Египетского. В монастыре том жили славные традиции, заложенные «светилом Православия» Иосифом Волоцким. Там сохранялся его несгибаемый дух, хотя он покинул сей мир ещё в 1515 году. А вскоре, в 1526 году Макарий был рукоположён во архиепископа Новгородского и Псковского.
Авторитет Макария рос быстро. Ему поручались мероприятия важные, государственного значения.