По Аверроэсу, материальный мир вечен, бесконечен, но в пространстве ограничен. Бог так же вечен, как и природа, однако он не сотворил мир из ничего, как это провозглашает религия.
Аристотелевское истолкование возникновения природы, согласно которому материя как таковая является не действительностью, а возможностью, что на нее должна воздействовать форма, чтобы природа возникла, Аверроэс интерпретировал так: формы не приходят к материи извне, но в вечной материи все формы потенциально содержатся и постепенно в процессе развития выкристаллизовываются. Концепцию всеобщей градации и иерархии сущего между Богом и человеком он перенял у Авиценны. Такая концепция, естественно, была значительно более удалена от веры в Божественное сотворение природы из ничего, которую проповедовали христианство и иудаизм.
Однако это не единственная проблема, по которой Аверроэс полемизировал с исламской догматикой. Он отрицал и бессмертность индивидуальной души; при этом он исходил из идеи Аристотеля, согласно которой душа соединена с телом, как форма с материей, в каждом конкретном существе. Индивидуальная душа умирает вместе с телом, ибо с гибелью тела распадаются конкретные чувственные представления и память, присущие каждому отдельному человеку.
Аверроэс различал пассивный и активный разум. Пассивный разум связан с индивидуальными чувственными представлениями человека, активный имеет характер всеобщего, единичного интеллекта, который вечен. Только общий разум всего человеческого рода в его историческом развитии является бессмертным. Единичные души (разум индивида) участвуют в нем, содержат его, сам он, однако, является надличностным и по своей сути подобен Божественному разуму. Это всеобщий активный интеллект земной сферы. Таким образом, Аверроэс онтологизировал высшую теоретическую способность человеческого духа.
Религиозное представление о бессмертии индивидуальной души бессмысленно. Высшую нравственную ценность Аверроэс видит в учении, которое воспитывает человека, чтобы он сам творил добро, а не в том, которое обусловливает поведение человека ожиданием вознаграждения или наказания на том свете. Его этика резко контрастирует с учением Мухаммеда, которое, с одной стороны, в живых красках описывает адские муки, с другой – обещает небесные радости и блаженство в виде мягкого ложа, вина и черноволосых девушек с большими глазами, ожидающих верующих.
Отношение между религией и философией Аверроэс понимал следующим образом: высшая и чистая правда, которую познает философ, в религии проявляется в чувственных образах, что может быть полезным для интеллекта простых, необразованных людей. Религиозные