Sin embargo, el proceso constructivo del Palau de la Generalitat es algo así como un enorme tapiz de Penélope en el que las grandes intervenciones, como esta de la década de 1480, fueron con frecuencia deshechas o enmascaradas bajo las nuevas adiciones que se sucedían en esos años con bastante celeridad. De esta manera, ya en 1500 el obrer de vila de la casa, Miquel Ruvio, reparó toda una serie de cubiertas y porches,44 pero fue entre 1508 y 1520, con las últimas compras de casas contiguas, cuando se acometió la mayor transformación del edificio, la que Salvador Aldana llama «la gran renovación», que implicó la construcción del patio central tal y como se puede ver hoy, y de la Sala Daurada, actualmente dividida en dos y situada a los pies de la torre antigua que da a la plaza de la Virgen.45 Los gastos son ingentes en ese período, de manera que en 1514 los diputados recapitularon el coste total de la obra ejecutada en los últimos cuatro años, que ascendió a 51.080 sueldos, lo cual, dada la inflación y la depreciación de la moneda que comenzó a operar en aquella época, vendría a equivaler, según los cálculos de Hamilton, a 39.331 sueldos de la década de 1480, con todo más del triple de lo que se invirtió en ese período anterior.46 Cada cierto tiempo los «contables» de la obra hacían este tipo de recuentos de lo gastado en los últimos ejercicios, y por ejemplo cuatro años más tarde, en 1518, el siguiente balance arrojó un nuevo dispendio de 19.951 sueldos y 3 dineros,47 y eso que aún no se había adquirido entonces la última casa con la que se amplió el palacio, la de Dimas Aguilar, que permitió diseñar la gran Sala Daurada. Nada detenía sin embargo a los diputados en aquella época de esplendor de la institución, que coincidía además con una profunda crisis económica del municipio valenciano, lo que hizo que, cuando en ese mismo año de 1518 se produjo una gran riada que asoló parte de la ciudad y sobre todo el arrabal del Camí de Morvedre, la ciudad no pudiera asumir la reedificación de los puentes sobre el Turia que habían quedado destruidos, y tuviera que actuar en su lugar la Generalitat, la cual invirtió otros 40.000 sueldos en rehacer los que había entre el Portal Nou y el de la Santa Creu.48
Las grandes contratas de estos años en el palacio se las llevaron los maestros «de plantilla» de la institución, como Joan Mançano, el obrer de vila que construyó la capilla del palacio por 6.600 sueldos entre 1514 y 1515, en cuyas tallas se le exigió que introdujera temática del romà, fullatges e personatges;49 o el cantero Joan Corbera, que realizó las ventanas del patio en 1512, con sus formas todavía característicamente góticas, por 6.800 sueldos, pero que entre ese año y 1517 recibió de la Generalitat nada menos que 20.420 sueldos por toda la obra de piedra que llevó a cabo, incluyendo la escalera monumental que aún se conserva.50 Ambos serían los que construirían el espacio de la Sala Nova o Daurada a partir de 1518, de cuyas cubiertas de madera tallada y dorada se encargaría el carpintero Martí Genís Llinares.51
El conflicto de las Germanías no llegaría a detener las obras, por más que en 1522 los diputados acordaran desmontar la barraca de madera donde se guardaban las herramientas de los pedrapiquers que allí trabajaban «puix no s’i obra ni·s té speransa de obrar de bon temps en dita casa».52 El impacto económico de la guerra debió de ser con todo importante, cuando en 1523 la Generalitat valoraba en 12.000 ducados, equivalentes a 252.000 sueldos, el valor de lo que le fue arrebatado por los agermanados a sus clavarios.53 Las obras tardarían así pues en reemprenderse. Lo harían en 1533, elevando la torre este, la que ahora se asoma a la plaza de la Virgen, en cuyo piso superior se abrió la nueva gran sala o Sala de Corts, donde se concentrarían las mayores inversiones. De hecho, entre 1540 y 1541, por ejemplo, las cubiertas y la pavimentación de esta sala y la apertura de nuevas ventanas en ella supusieron la inversión, en solo un año, de 16.576 sueldos.54 Se registran sin embargo en estos momentos algunos atrasos en los pagos al personal que parecen dar muestra de una coyuntura menos favorable para la Generalitat. Genís Llinares, por ejemplo, el maestro carpintero que realizó los casetones de la Sala Daurada, e inició la obra de madera de la Sala de Corts, murió en marzo de 1543, y se tardó un año en presentar una simple estimación de lo que se le debía, que el 29 de marzo de 1544 se evaluó en 1.383 sueldos y 6 dineros, los cuales solo entonces se comenzaron a pagar.55
El hecho es que la segunda mitad del siglo XVI registra un cierto cambio de estrategia a la hora de pactar las grandes obras a destajo frente a lo que se había planteado hasta entonces, y esto afecta especialmente a la cubierta de madera del Sala de Corts y al remate y cerramiento de la torre. Los contratos se vuelven entonces más minuciosos y se pactan en función de la superficie a cubrir y de la complejidad de cada obra, lo que se convirtió en un recurso económico para controlar el que fue quizá el mayor gasto de la historia del edificio: los plafones tallados de la cubierta y la galería de la Sala Nova o de Corts. En 1563 se justiprecia toda la faena que el carpintero «de la casa», Martí Genís Llinares, que acababa de fallecer, había hecho, la cual correspondería, en el gran rectángulo de la sala, sobre todo con el lado largo que da al este y el corto que da al sur, o en las palabras de la época la paret llarguera de la part de la Casa de la Ciutat i la paret del cap al carrer de Cavallers.56 Se incluían ahí diecinueve «cuadros», con sus arcos, ménsulas y escenas, y se valoraba cada uno de ellos, incluyendo la materia prima y la mano de obra, en 1.680 sueldos. A todo ello había que unirle las esquinas, columnas y barcelles, o artesonados, de manera que la deuda con el difunto carpintero se estimó en un total de 37.717 sueldos y medio. La cifra ya es enorme, pero la obra solo estaba acabada a medias, de manera que tuvo que rematarla Gaspar Gregori. Para pagarle a este al año siguiente, 1564, un equipo de peritos, formado por el imaginaire Josep Esteve y el carpintero Vicent Sanchis por los diputados, y sus equivalentes Lluís Munyós y Cosme Oleza por el mismo Gregori, se tuvo que poner de acuerdo con el objetivo de fijar sus honorarios. Los precios fueron los mismos que los aplicados a la obra de Llinares, pero se incluyeron también las operaciones que Gregori llevó a cabo para encontrar madera, de manera que en total se le pagaron 53.098 sueldos y 2 dineros.57 Aún quedaban pequeños detalles que se abonarían después, en 1566, y que importaron otros 3.677 sueldos.58 En total, la ostentosa techumbre costaría nada menos que 94.492 sueldos, una cifra que, aunque deflactada al valor del dinero en la década en 1480