Тем не менее Кеннеди, который в Сенате прямо выказывал поддержку недавно получившим независимость странам третьего мира, в 1961 г. тепло встретил Сукарно в Белом доме. Сукарно, в свою очередь, надеялся принять Кеннеди в Индонезии. ЦРУ же хотело смерти Сукарно и свертывания того, что оно называло «предвзятостью в мировой политике». Заместитель директора ЦРУ по планированию Ричард Бисселл в интервью отнес конголезского лидера Патриса Лумумбу и Сукарно к одной и той же категории расходных материалов: «Лумумба и Сукарно были двумя самым плохими людьми на государственной службе, о которых я когда-либо слышал. Это были бешеные псы… Я считал, что они представляют опасность для Соединенных Штатов».37 Заговоры с целью убийства таких людей, признал Бисселл, порой могут представлять «неверные решения», но только в тех случаях, когда они проваливаются. Он настаивал, что заговоры с целью убийства таких «бешеных псов» «не были чем-то безнравственным», и сожалел лишь о том, что некоторые заговоры ЦРУ провалились и стали достоянием гласности.
О заговоре ЦРУ против Сукарно стало известно еще при администрации Эйзенхауэра. Осенью 1956 года Фрэнк Уиснер, тогдашний заместитель директора ЦРУ по планированию, сказал главе Дальневосточного отдела Управления: «Думаю, пора поджарить Сукарно пятки».38 После этого Управление приложило руку к мятежу индонезийских военных в 1957–1958 гг., предоставило мятежникам оружие и даже использовало эскадрилью самолетов без опознавательных знаков для бомбардировки верных Сукарно войск. 39 Тайное участие ЦРУ открылось после того, как один из летчиков, Аллен Поуп, сбросил бомбы на церковь и рыночную площадь, убив много мирных жителей. Поупа сбили и по имевшимся при нем документам идентифицировали как наемника ЦРУ. Четыре года спустя Сукарно помиловал приговоренного к смертной казни Поупа в ответ на личную просьбу Роберта Кеннеди, которую генеральный прокурор высказал во время своего визита в Индонезию. Роберт Кеннеди представлял своего брата, и таким образом его визит укрепил связь Сукарно с обоими Кеннеди.
В отличие от ЦРУ, президент Кеннеди хотел сотрудничать с Сукарно, а не ликвидировать его путем переворота или покушения. В 1961–1962 гг. президент выступал посредником в переговорах между Индонезией и ее бывшим колониальным хозяином, Нидерландами, когда назревала война между ними. Мирное разрешение индонезийско-голландского кризиса, которого Джон Кеннеди добился через ООН, позволило спорной территории Западного Ириана (Западная Новая Гвинея) перейти от Нидерландов под управление индонезийского правительства с предоставлением народу Западного Ириана возможности получить к 1969 г. независимость. В результате для ЦРУ Кеннеди оказался пособником врага. Как выразился Бисселл,