В трудах Ломоносова «О слоях Земли», «Явление Венеры на Солнце» и многих других отражен научный взгляд на развитие Вселенной. При этом ученый подчеркивал, что научная правда и вера «суть две сестры родные, дщери одного вышнего родителя», они «никогда между собой в распрю прийти не могут»[11]. В «Регламенте» академического университета Ломоносов записал: «Духовенству к учениям, правду физическую для пользы и просвещения показующим, не привязываться, а особливо не ругать наук в проповедях»[12]. Синод, не выступая открыто против такого авторитетного ученого, обрушил свой гнев на журнал Академии наук «Ежемесячные сочинения, к пользе и увеселению служащие» (1755–1764). Архиереи докладывали императрице о том, что издание печатает богохульные произведения, «многие, а инде и бесчисленные миры были утверждающие, что Священному Писанию и вере христианской крайне противно есть, и многим неутвержденным душам причину к натурализму и безбожию подает». 16 сентября 1756 г. руководству Московского университета была возвращена рукопись перевода поэмы А. Попа «Опыт о человеке», сделанного профессором Н. Н. Поповским, учеником Ломоносова. Синод снова отметил, что автор поэмы опирается на «Коперникову систему, тако ж и мнения о множестве миров, Священному Писанию совсем не согласные». Наконец, 21 декабря 1756 г. Синод представил императрице Елизавете подробный доклад о вредности гелиоцентрических воззрений для православия. Синод испрашивал именной указ для строгого запрета всем «писать и печатать как о множестве миров, так и всем другом, вере святой противном и с честными нравами не согласном, под жесточайшим за преступление наказанием не отваживался». Духовное ведомство предлагало конфисковать повсюду книгу Бернара Ле Бовье де Фонтенеля «Разговоры о множестве миров» (1686, перевод на русский язык А. Д. Кантемира – 1740) и номера «Ежемесячных сочинений…» за 1755–1756 гг. «Придворный ее величества проповедник» иеромонах Гедеон (Криновский) прочел императрице и издал в 1756 г. проповедь, направленную против натуралистов, предлагая спросить с них и с тех, кто украшен «рангами, достоинствами и богатством» (имея в виду ученых)[13].
Ломоносов, долго воздерживавшийся от полемики, сочинил ядовитую эпиграмму «Гимн бороде», моментально разошедшуюся как анонимное произведение в списках по всем городам России вплоть до Якутска. В ней высмеивалось невежество иерархов, борода которых – «завеса мнений ложных». Затем после прямой стычки с духовенством последовала новая эпиграмма. В ответ Синод 6 марта 1757 г. обратился к императрице с жалобой на Ломоносова, испрашивая указ, чтобы привлечь автора к ответственности и впредь не допускать подобных оскорблений духовенства. Жалоба не имела последствий. Мало того, в это время в 1756 г. Ломоносов был введен в состав управления Академической канцелярией, чтобы заниматься «всеми академическими делами» (наряду с академиком Таубертом).