Энглтон не поверил в двойную игру Голицына, в отличие от директора ФБР Эдгара Гувера, который значительно сократил сотрудничество с ЦРУ по контрразведывательной деятельности. Убеждённый Голицыным в наличии большого количества советских агентов в ЦРУ, Энглтон выдвинул теорию о широкомасштабной операции КГБ, служащей для манипулирования деятельностью ЦРУ в нужном направлении. В результате этого возникли многочисленные трения с другими отделами, операции которых Энглтон подвергал сомнению. Однако Голицын не был высокопоставленным сотрудником, перебежал относительно давно и не мог предоставить конкретных фактов для подтверждения своей теории, а потому к 1968 году руководство разведки и директор Хелмс перестали доверять его сведениям. 6 Чего нельзя было сказать об Энглтоне…
В 1969—1975 году отдел контрразведки ЦРУ провёл масштабную операцию «Хаос» по слежке за гражданами США, подозреваемыми в работе на иностранные государства. Вообще ещё с 1965 года по приказу президента Линдона Джонсона контрразведка ЦРУ наблюдала за отдельным деятелями антивоенных организаций и гражданскими активистами. С приходом президента Никсона масштаб операций был расширен, и они были объединены под началом Энглтона.
Сначала управление занималось только отслеживанием зарубежных контактов, используя зарубежные отделы ЦРУ и помощь дружественных разведок. Однако затем агенты ЦРУ перешли к внедрению агентов, слежке и вскрытию почты внутри страны. Такая деятельность была незаконной, так как ЦРУ законодательно запрещены самостоятельные операции внутри страны: ЦРУ не является правоохранительной структурой и не подконтрольно судам и министерству юстиции во главе с Генеральным прокурором. По некоторым сведениям, было заведено от 7 до 10 тысяч досье, а также введены записи в компьютерную базу данных на 300 000 граждан и на 1000 организаций. Тем не менее, директор центральной разведки Хелмс несколько раз докладывал, что в результате программы не выявлено никаких подозрительных связей с иностранными государствами.
Программа «Хаос» была свёрнута в 1973 года после Уотергейтского скандала, когда бывшие сотрудники ЦРУ были пойманы в отеле «Уотергейт» за взломом штаба Демократической партии. Это в результате привело к отставке президента Никсона и, в конечном счете, самого Энглтона.
В декабре 1974 директор центральной разведки Уильям Колби отправил Энглтона в отставку, когда президент Форд потребовал отчёта о незаконных действиях ЦРУ. Также были уволены его заместители. В отчёте комиссии вице-президента Рокфеллера и сенатской комиссии Чёрча было указано,