Крупные неудачи в Ливонской войне[10] заставили правительство приступить к более радикальным изменениям в армии. На смену боярскому ополчению Иван Грозный стал создавать оснащенное огнестрельным оружием стрелецкое войско, которое набиралось из свободных людей («охотников») на добровольной основе. Это был прообраз будущей регулярной профессиональной армии. Но это войско еще во многом сохраняло черты феодального ополчения.
За военную службу стрелецким полкам предоставляли коллективные земельные наделы – «дачи», из которых стрельцам выдавали личный надел. Стрельцам, не имеющим личного участка, платили денежное и хлебное жалованье, но поскольку в казне зачастую не было денег, то они были вынуждены, кроме основной службы, заниматься торговлей или ремеслом, что, конечно, не повышало боеспособность войска.
В середине 1550-х годов была окончательно отменена система кормлений. Вся судебная, налоговая и другая деятельность на местах передавалась в руки выборных земских старост из зажиточных крестьян на селе и городской купеческой верхушки. Земские старосты, в свою очередь, подчинялись губным старостам. Такая структура усиливала централизованную власть сверху донизу.
В 1550-х годах Иван IV снова вернулся к проблеме соотношения церкви и самодержавия. В 1551 году был созван Стоглавый церковный собор (его постановления состояли из ста глав). На соборе снова возникли споры нестяжателей и иосифлян по поводу церковного землевладения, и в результате был достигнут определенный компромисс: церковь одобрила проводимые царем реформы и Судебник 1550 года, а царь поддержал иосифлян. Царская власть стала осуществлять более строгий контроль за ростом церковных владений. Впредь церковь могла приобретать и продавать земли только с разрешения верховной власти.
При Иване Грозном отношения между царской властью и боярской оппозицией достигли наивысшего накала и приняли жестокие и кровавые формы. В 1565 году царь объявил о переходе к особым условиям правления, что позволило ему получить неограниченные полномочия: он мог объявить государственными изменниками любых представителей княжеско-боярской аристократии, на одних распространить