Скорее всего Нагие, сфабриковав подложные улики, постарались уничтожить подлинную. Детская игрушка – ножичек царевича – очень мало напоминала орудие убийства, и Нагие подменили ее боевым оружием – «ногайским» ножом. Длинные окровавленные ножи, подброшенные в ров, должны были окончательно убедить следователей в том, что под окнами дворца орудовала шайка заправских убийц.
Следователи допрашивали главных свидетелей перед царицей, которая могла опротестовать любое ложное или путаное показание. Вместо этого она обратилась к помощнику Шуйского митрополиту Геласию со смиренной просьбой заступиться перед царем за «бедных червей» Михаила «с братею». «Как Михаила Битяговского с сыном и жилцов побили, – сказала царица „с великим прошением“, – и то дело учинилось грешное, виноватое». Мария Нагая признала, что расправа с Битяговскими была делом преступным и беззаконным, и больше не настаивала на том, что дьяк и жильцы убили ее сына.
Помимо угличского «обыска» Шуйского, сведения о гибели Дмитрия содержатся в записках иностранцев. Английский посланник Джером Горсей узнал о смерти Дмитрия, будучи в Ярославле, неподалеку от Углича. Полученную информацию он изложил в письме лорду Берли, датированном 10 июня 1591 г. Английский дипломат конфиденциально сообщил в Лондон о том, что 19 мая «случилось величайшее несчастье: юный князь 9-ти лет, сын прежнего императора и брат нынешнего, был жестоко и изменнически убит; его горло было преререзано в присутствии его дорогой матери, императрицы… После этого произошли мятежи и бесчинства».
Чтобы оценить достоверность английской информации, надо установить ее источники. Сделать это помогают записки Горсея, в которых ярославские впечатления автора получили более подробное отражение. На всю жизнь англичанин запомнил ночной эпизод, происшедший с ним в Ярославле в мае 1591 г. Глухой ночью кто-то громко постучал в его дом. Вооружившись пистолетами, Горсей выглянул на улицу и при свете луны узнал Афанасия Нагова, своего давнего знакомого. Он рассказал, что «царевич Дмитрий мертв, дьяки зарезали его около шести часов, один из слуг признался на пытке, что его послал Борис, царица отравлена и при смерти…». Очевидно, письмо Горсея от 10 июня 1591 г. лишь воспроизвело версию Нагих об убийстве Дмитрия людьми Годунова.
Говорят, что следствие не дало полной картины происшедшего: Шуйский не допросил царицу Марию, самого авторитетного свидетеля. Такой упрек основан на недоразумении. Боярин и его помощники не имели полномочий допрашивать вдову Грозного. Мария Нагая подала весть царю Федору о гибели сына, следовательно, розыск начат был по ее просьбе. Именно поэтому главных свидетелей комиссия допрашивала «перед царицей». Конечно, на всех допросах Нагая присутствовать не могла. От страшного нервного потрясения ей сильно нездоровилось. В мае ее дядя Афанасий сообщил англичанам, что царица при смерти (это было преувеличением), что у нее вылезли